婺源县，以旧县治清华“地近婺水之源”而名。春秋战国时期为吴国、楚国划疆之地，县北浙岭至今耸立有“吴楚分源”界碑。南宋咸淳五年(1269)，度宗赵禥以境域系朱熹故乡，诏赐婺源为“文公阙里”。自古以来，是地千崖献奇、万谷汇碧、田园如画，素有“书乡”“茶乡”美誉。

婺源历史悠久。据对境内善山、江村、茅坦庄等地发掘出土的陶纺轮、石网坠、骨针、圜底网纹陶罐、印纹陶片、石斧、石凿等器物考证，远在4000多年前，婺源地域就有居民活动、孕育文明。早期生活在这方山水的土著先民，属于“越”。古越族以蛇、鸟为图腾，习水便舟、巢居、善铸铜，并有以印纹陶为代表的越族文化。他们“饮稻羹鱼”“火耕水耨”，在这里劳垦生息，过着定居的原始农耕生活。

西周前，婺源地域属“扬州之域”。春秋战国时期，诸侯争霸，婺地属于吴国领地。周元王三年(前473)，吴被越国攻灭归越;吴王夫差的长子吴鸿亦被流放婺源湖山。周显王十四年(前355)楚灭越后，婺源地域划入楚国版图，直至秦王政二十四年(前223)楚国灭亡。

秦统一六国后，派兵南征降“百越”，于秦始皇三十一年(前216)占领古徽州地区，设黝(后改“黟”)、歙二县，归属鄣郡;婺源地域以属歙县地随之隶鄣郡。对于“鄣郡”之名，一说系因婺源北部的三天子鄣(大鄣山)而得。西汉元狩二年(前121)，改鄣郡为丹阳郡，婺地又随歙县改属丹阳郡。在此秦汉时期，生活在黟、歙地域的土著越人，因不堪封建王朝的暴政，纷纷逃入山中，形成“山越”。山越人刀耕火种，“以渔猎、山伐为业”，遁迹于山林，过着一种与世隔绝的生活。

东汉末年，三国鼎立，丹阳郡成为孙吴的割据地之一。建安十三年(208)，孙吴政权派兵制服山越后，分歙县辖地增置始新、新定、犁(后改“黎”)阳、鸺(不久改“休”)阳4县，加上原黟、歙共6县建立新都郡;婺源地域属休阳(三国吴永安元年改名“海阳”)县。吴嘉禾三年(234)，幽居深谷的山越人迁出山林，结束这里历史文化与社会发展的封闭状态，促使半原始形态的山越丛林社会逐渐向封建社会转变。

西晋太康元年(280)吴亡，改新都郡为新安郡，改海阳县为海宁县，婺源地域属新安郡海宁县。

隋开皇九年(589)新安郡改为歙州，十八年(598)海宁县改为休宁县，婺地属歙州休宁县。

唐开元二十八年(740)，析休宁县回玉乡和乐平县怀金乡之地，建立婺源县，治清华，隶属歙州。元和七年(812)，又划乐平县丹阳乡归婺;汉长沙王吴芮墓时亦随石老山(今名“鸡山”)移入婺源版图。天复元年(901)，婺源县治由清华移至蚺城。在唐代中原人口北向南移大潮中，由于大批北方士族迁入，使婺源得到广泛开发，土地垦种面积逐渐扩大。茶叶广为栽种，陆羽《茶经》明确注明“歙州(茶)生婺源山谷”。瓷器生产兴旺，清华东园瓷窑烧制的青瓷、青花瓷器具，行销皖浙赣边区。龙尾砚(亦称“歙砚”)闻名遐迩，成为中国四大名砚之一。民俗方面诞生崇拜“五猖”神灵信仰。唐昭宗李晔之子由“李改胡”，隐居婺源考水开创中国“明经胡氏”一派。

五代十国时期，婺源先后随歙州隶属吴宁国军、南唐建威军管辖。南唐升元二年(938)，镇守婺源的1500名关西军兵士，分别屯田“武溪香田、思溪大田、潋溪车田、浮溪言田、古溪丰田”等处以耕为永业，使山间盆地不断开垦。龙尾歙砚产制进入兴盛期，南唐后主李煜夸为“天下之冠”。

宋开宝八年(975)南唐灭，婺源随歙州入宋。宣和三年(1121)歙州改名徽州，婺源随之隶属徽州。两宋时期，经济和文化发展到一个新的水平。由于水利工程“陂”“堨”大量兴修，农业获得进一步发展。山区森林资源丰富，“岁联为桴，以下淛(浙)河”。经济作物以茶叶为大宗，“谢源茶”被《宋史·食货志》列为全国六种绝品茶之一。龙尾歙砚南宋时作为“新安四宝”之一，定期进贡朝廷。新安墨(徽墨)制造中心自北宋由黄山转移到婺源黄冈山之后，制墨业开始兴隆。社会重文兴教风气开始形成，自宋庆历四年(1044)始建县学外，龙川书院、万山书院、山屋书院等讲学会文之所亦纷纷出现。文风炽盛，渐至导致婺源人文鼎昌，全县举进士334人，仕宦者达455人。

元至元十三年(1276)，徽州(翌年改为徽州路)入元，婺源随隶之。元贞元年(1295)，婺源县升为婺源州(下州)，隶属徽州路(至正二十四年改为徽州府)。元代婺源各业虽萧条，但仍有过采矿炼铁、淘沙采金之举。文化教育进一步发展，婺源历史上影响较大的紫阳书院、明经书院、遗安义学、阆山书院等均在这一时期兴建。元统二年(1334)，皇旨核准批建“文公庙”。

明洪武二年(1369)，婺源州复为婺源县，仍隶属徽州府。清沿明制。明清时期，是婺源经济发展的兴盛时期。元末动乱中荒芜的田土，逐渐被开垦成熟田，明弘治五年(1492)全县岁赋田37.9万亩，到清康熙元年(1662)增至42.9万亩。林木资源甚丰，“新安之木，松、杉为多，必栽植始成材。而婺源、祁门之民尤勤于栽植”。清代为徽州府主要产茶地，嘉庆时(1796-1820)全府岁行茶引(每引100斤)2万道，婺源占其总数35.5﹪。徽墨制造，清代有墨铺百余家，所造墨锭“售于二十三行省”。造船、造纸和制伞业均于明代兴起，印刷业始于清末。明清徽商称雄中国商界，婺源商贾作为其中一支劲旅，活动足迹遍及禹域，共创了“无徽不成镇”奇迹!文化教育取得长足发展，“十家之村，不废诵读”是为当时婺源的真实写照。明清时全县有200人登进士第(另有武进士7人)、619人中举(另有武举人57人);乾隆三十七年(1772)朝廷纂修《四库全书》时，婺源学者所撰著作有83种入选;明清两代出仕者2114人，出现过“一门九进士，六部四尚书”的现象。

民国元年(1912)，裁府(徽州府)留县，婺源县直隶安徽省。1932年属安徽省第十行政区;1934年划入江西省第五行政区;1947年划回安徽省第七行政区。民国时期，近代教育有一定程度发展，全县建有中小学129所。婺源至衢州、德兴县、景德镇公路，先后动工兴筑。然而经济日渐衰退，耕地由清代42万亩锐减至1948年的25.4万亩。茶叶种植面积由兴盛时17.2万亩、产量4.7万担分别降为4.8万亩与1.5万担，茶号、茶庄由243家减至几十家。抗日战争期间，日军侵华造成婺源损失值达128亿元(法币)。人口从清末的21.5万人减至1948年的15.4万人。

1949年5月1日婺源解放，复由安徽划归江西，先后属乐平、浮梁专区。1952年属上饶专区。1971年属上饶地区。2000年为上饶市辖县至今。中华人民共和国成立后，特别是改革开放以来，婺源综合实力和区域竞争力明显提高。产业结构进一步优化，生态优势不断提升，经济保持稳步增长，全面建成小康社会取得重大进展，城乡面貌发生深刻变化，人民群众得到更多实惠，城镇、农村居民人均可支配收入持续提高。“科学发展，绿色崛起”的区域发展格局不断完善，建设“中国最美乡村”迈出坚实步伐。