1968年3月20日，中共中央、中央军委、中央文革发出通知，决定对最高人民检察院派驻中国人民解放军军事代表，并任命了军事代表和副军事代表。全国各地检察机关被陆续派入军事代表，实行军管。

1966年5月“文化大革命”开始，中国社会进入十年浩劫时期。在这场动乱中，检察制度发展中断，机构被撤销，人员被遣散，业务实际上被取消。1966年8月10日，最高人民检察院机关选出文化革命委员会筹委会;9月3日，最高人民检察院选出文化革命委员会。1966年12月18日，江青在接见红卫兵时，攻击“公安部、检察院、最高人民法院都是从资本主义国家搬来的，是凌驾于党政之上的官僚机构，几年来一直是同毛主席对抗”。在她的煽动下，最高人民检察院当即受到暴力冲击，并且迅速蔓延到全国各级检察机关。1967年，谢富治在公安部全体工作人员大会上提出:要把公、检、法机关从“政治、思想、理论、组织上彻底砸烂”。到1968年上半年，全国各级政法机关遭到严重破坏，其中受害最为严重的是检察机关。1968年3月20日，中共中央、中央军委、中央文革发出通知，决定对最高人民检察院派驻中国人民解放军军事代表，并任命了军事代表和副军事代表。全国各地检察机关被陆续派入军事代表，实行军管。

1968年10月30日，为响应毛泽东关于干部下放劳动的指示，最高人民检察院机关军代表向中央提交干部下放劳动的请示报告。1968年12月，最高人民检察院军代表、最高人民法院军代表、内务部军代表和公安部领导小组联合提出《关于撤销高检院、内务部、内务办三个单位，公安部、高法院留下少数人的请示报告》。这个报告经毛泽东批示后，最高人民检察院、军事检察院和地方各级人民检察院先后被撤销。

1969年2月27日，最高人民检察院160多名干部、职工，由军事代表和临时革命领导小组带队，下放到湖北省荆州地区沙洋劳改农场进行劳动锻炼，成为最高人民检察院“五七”干校。1973年10月4日，撤销最高人民检察院军事代表，在“五七”干校学习的干部大部分被分配了工作，“五七”干校也随之不存在。同时，在北京设立了最高人民检察院留守组。1975年1月17日，第四届全国人民代表大会第一次会议修正通过了第二部《中华人民共和国宪法》，第二十五条规定，“检察机关的职权由各级公安机关行使”。从而，检察机关被撤销的事实，在宪法上予以确认。