南宋末年，丽江木氏先祖将其统治中心从白沙移至狮子山麓，开始营造房屋城池，称“大叶场”。
南未责佑元年(公元1253年)，蒙古军南征，木氏先祖阿宗阿良迎降，阿宗阿良归附元世祖忽必烈。实佑二年(公元1254年)，在“大叶场”设三赕管民官，其建制隶属于茶罕章管民官。公元1253年，忽必烈(元世祖)南徵大理国时，就曾驻军于此。由此开始，直至清初的近五百年里，丽江地区皆为中央王朝管辖下的纳西族木氏先祖及木氏土司(1382年设立)世袭统治。
元至元十三年(公元1276年)，茶罕章管民官改为丽江路军民总管府; 元至元十四年(公元1277年)，三跋管民官改为通安州，州治在今大研古城。1277年，改丽江路通安州。
明洪武十五年(公元1382年)，通安州知州阿甲阿得归顺明朝，设丽江军民府，阿甲阿得被朱元璋皇帝赐姓木并被封为世袭知府。明洪武十六年(公元1383年)，木得在狮子山麓兴建“丽江军民府衙署”;
曾遍游云南的明代地理学家徐霞客(1587--1641)，在《滇游日记》中描述当时丽江城“民房群落，瓦屋栉比”，明末古城居民达千余户，可见城镇营建已颇具规模。
清顺治十七年(公元1660年)，设丽江军民府，仍由木氏任世袭知府;清雍正元年(公元1723年)，朝廷在丽江实行“改土归流”，改由朝廷委派流官任知府，降木氏为土通判。
雍正二年(公元1724年)，第一任丽江流官知府杨铋到任后，在古城东北面的金虹山下新建流官知府衙门、兵营、教授署、训导署等，并环绕这些官府建筑群修筑城墙。
乾隆三十五年(公元1770年)，丽江军民府下增设丽江县，县衙门建于古城南门桥旁;民国二年(公元1912年)，丽江废府留县，县衙门迁入原丽江府署衙内。
民国三十年(公元1941年)，在丽江设云南省第七行政公署及丽江县政府。
1949年，设丽江专员公署及丽江县人民政府;1961年，设丽江纳西族自治县。
1986年12月，丽江古镇因为集中体现了纳西文化的精华，并完整地保留了宋、元以来形成的历史风貌，被国务院列为中国历史文化名城。
1997年，丽江撤“地区”建地级市，12月4日在意大利那不勒斯召开的联合国教科文组织世界遗产委员会第21次全体会议上根据文化遗产遴选标准C(II)(IV)被列入《世界文化遗产名录》。
2003年，将大研古镇设立为丽江市古城区，束河古镇也包括在其辖区内。
2011年7月6日云南省丽江市丽江古城景区被国家旅游局评定为国家5A级旅游景区。
