武汉岩土所成立于1958年10月。根据当时中南地区工农业蓬勃发展的需要筹建，主要计划从事船舶推进内燃水泵及深耕犁的研究，名称为中国科学院武汉力学研究所。 

1959年发展为五个研究室、二个组、一个综合加工厂，规划主要从事空气动力学研究。 

1961年，中国科学院为了贯彻党和国家提出的“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，于年底决定将武汉力学研究所110人、武汉机械所44人、广州力学研究所筹备人员39人，合并建立中南力学研究所，所址设在武汉。其学科方向放弃空气动力学，转为岩土力学为主，水动力学为辅。并于1962年1月1日正式启用中国科学院中南力学研究所章。 

1962年12月14日，根据所从事的研究内容，改名为中国科学院武汉岩石力学研究所。 

1963年9月26日，根据研究对象的性质又改名为中国科学院岩体土力学研究所，并于1963年12月10日启用新章。 

1970年7月中国科学院岩体土力学研究所实行以地方为主的双重领导，同年12月15日更名为中国科学院湖北岩体土力学研究所。 

1978年6月20日，中国科学院湖北岩体土力学研究所改为双重领导，以院为主。同年12月18日中国科学院决定将中国科学院湖北岩体土力学研究所改名为中国科学院武汉岩体土力学研究所。 

1985年4月23日，由所申请、中国科学院批准，改名为现名中国科学院武汉岩土力学研究所。 

1987年，中国科学院武汉科学仪器厂编制取消，正式并入中国科学院武汉岩土力学研究所，成为所属下级单位，有关情况另行介绍。 

1998年，研究所定位为高技术应用基地型研究所。 

2001年12月经过调整充实的岩土力学自费开放实验室被批准成为中科院重点实验室。 

2002年3月，研究所进入中国科学院知识创新工程体系，同年12月，根据创新任务重新组建的环境岩土工程研究室被批准为湖北省重点实验室， 

2007年1月，岩土力学与工程国家重点实验室获得国家科技部的立项批准。 

武汉岩土所下设岩土力学与工程国家重点实验室、湖北省环境岩土工程重点实验室、污染泥土科学与工程湖北省重点实验室、能源与废弃物地下储存研究中心、湖北省固体废弃物安全处置与生态高值化利用工程技术研究中心、中国岩土工程研究中心、武汉岩土工程检测中心、岩土力学与工程实验测试中心等研究、开发与支撑平台。现设有工程力学和岩土工程二级学科博士研究生、硕士研究生培养点，防灾减灾工程及防护工程二级学科硕士研究生培养点，建筑与土木工程、控制工程专业硕士研究生培养点，并设有土木工程一级学科博士后流动站。 

通过几代科学家的努力，武汉岩土所在计算岩石力学、智能岩石力学、施工过程力学、特殊土土力学、岩石动力学、岩石流变力学、地下工程与地下空间、边坡工程与滑坡防治、地基工程、能源地下储存与废弃物处置等方面的研究形成了独特的优势，是国内本学科领域综合研究水平领先、具有国际影响力并引领本学科发展的主力军。 

武汉岩土所是中国岩石力学与工程学会支撑单位之一，也是其下属的地下工程分会、地面岩石工程专业委员会、岩石动力学专业委员会、中国力学学会岩土力学专业委员会和中科院自然科学期刊编辑研究会武汉分会的挂靠单位。武汉岩土所主办的《岩土力学》和承办的《岩石力学与工程学报》均为国内中文核心期刊，同时被EI数据库收录。与中国岩石力学与工程学会联合主办的《岩石力学与岩土工程学报》(英文版)是国内本学科领域第一家英文版学报。 

现任所领导为:副所长(主持工作)薛强、党委书记兼副所长陆凯阳、副所长盛谦、党委副书记兼纪委书记安骏勇。