1914年8月，江苏各省立学校校长联名要求在两江师范学堂“设立高等师范学校”。江苏省巡按使韩国钧批复:“查南京高等师范学校，去年叠奉部文，准就两江师范学校校舍改设。”

1915年9月，南京高等师范学校正式开学(以下简称“南高师”)。经北洋政府批准，原江苏省教育司司长江谦被任命为校长。招收国文、理化两部预科各一级、国文专修科一级。它与北京高师、武昌高师、广州高师一起，成为我国创办最早的四所高等师范学校。

为实施训育、智育、体育“三育并举”的办学方针，南高师在国内率先开办了体育专修科，为我国培养了首批体育人才和体育师资。稍后，校长江谦认为，国家的富强有赖于科学的进步与实业的发达，故先后设立了工艺、农业、商业等专修科。“师范学校”设立农科，南高师实开风气之先。著名作物育种专家金善宝便是农业专修科的早期毕业生之一。1918年，增设国文讲习所。1919年秋，国文部改为文史地部，理化部改为数理化部。次年1月，又合并二部建立文理科，下设国文、英文、哲学、历史、地学、数学、物理和化学等系。至此，本校几大基础学科次第建立。其中，竺可桢创建的地学系和秉志创建的生物学系等，都是在国内大学中创办最早的。

另外值得一提的是，南高师的校歌，也是南京大学历史上最早的校歌，由江谦作词，音乐界一代宗师李叔同先生制谱，现已被选定为南京大学校歌。

1919年9月，江谦因病辞职，留美博士郭秉文继任校长。郭在任期间，实施“三育并举、四个平衡”的办学方针，广揽英才，首开女禁，建树良多。国立东南大学建校，并与南高师合并。

郭秉文和东南大学

1919年9月，江谦因病辞职，留美博士郭秉文继任校长。作为近代中国最著名的教育家之一，他实施“训育、智育、体育”的“三育并举”和“通才与专才平衡，人文与科学平衡，师资与设备平衡，国内与国外平衡”的“四个平衡”的办学方针，大力改革行政机构，取消学监处，成立校长办公处，设立各种委员会，吸收教职员参加学校管理，对学校发展颇多建树。他倡导“严谨求实”的学风，要求学生要养成“钟山之崇高，玄武之深静，大江之雄毅”般的国士风范。

1920年4月，郭秉文提议筹建国立大学。9月25日，张謇、蔡元培、蒋梦麟、黄炎培、郭秉文等10人联名上书教育部，“拟就南京高等师范学校校址及南洋劝业会旧址，建设南京大学，以宏造就”。同年11月，教育部函复张謇等人，初步同意以南高师之教育、农、工、商4专修科改归大学，各本科仍由南高师继续办理。12月7日，经北洋政府国务会议正式通过，定名为国立东南大学。12月16日在南高师成立了东南大学筹备处。

1921年10月，东南大学正式成立并开始上课，郭秉文任校长，同时兼任南高师校长。南高师自1921年起不再招生，俟其学生全部毕业后即并入东大。东大成立时，先设四科，以南高师的工艺科为基础，建成工科;以体育专修科、教育专修科建成教育科;农业专修科发展为农科(以上三科设在校本部);扩建商业专修科，并与暨南大学在上海合办了我国第一所商科大学，由校长郭秉文兼任商大校长，马寅初任教务主任，为我国培养出最早的几批高级财经人才。同年，南高师在教务主任陶行知、商科主任杨杏佛等教授的倡导和校长的支持下，招收8名女学生入学，与北京大学一起在我国公立高校中首开“女禁”。

1921年2月，南高师文理科增设政治经济系及西洋文学系，并兼辖农科之生物系、教育科之心理系。同年3月18日，教育部聘张謇、蔡元培、王正廷等15人为东大校董，6月6日，成立了我国公立大学的第一个校董会--东南大学董事会。9月教育部任命郭秉文兼任东南大学校长。1922年6月上海商科大学改由东南大学独办，易名为“东南大学分设上海商科大学”。

1923年6月，南高师正式并入东大，长达数年的“双轨”制终告结束。这时，东大已具相当规模，全校共有教职员200余人，学生1600人，年经费40余万。全校共设5科28系，即文理科:设国文、历史、外国语(由原西洋文学系、英语系及德、法、日各学程合并改组而成)、政治、经济、哲学、物理、化学、数学、地学各系;教育科:设教育系和心理系;工科:设机械工程、土木工程、电机工程各系;农科:设生物、农艺、园艺、畜牧、蚕桑、病虫害各系;商科:设普通商业、会计、工商管理、银行理财、国际运输各系。学科齐全，居全国之首。当时执教于东南大学的茅以升教授曾经评说:“东大寓文理、农、工、商、教育于一体，此种组合为国内所仅见，意义深远。”

1924年4月，东大校董事会议决，暂时停办工科。8月，校董事会再次议决，并与全国水利局总裁取得一致意见，以本校工科与河海工程学校为基础改组成国立河海工科大学，由东大工科主任茅以升出任该校校长。

1925年1月，郭秉文被段祺瑞临时执政教育部免去校长职务。此后，东大校长频频更迭，胡敦复、陈逸凡、蒋维乔、秦汾等在1925年先后被任命为校长，但均未正式履职;直至1926年校长一职实际上仍是空缺。易长风潮，历时一年多，对东大的发展产生了消极影响。

郭秉文在任期间，坚持“发扬民族精神”、“振兴科学”，延聘硕彦，“科学名世”，使南高师与东南大学被誉为“中国自然科学的发祥地”。

1927年3月，国民革命军攻占南京，国立东南大学与其他院校在“大学区制”下合并成第四中山大学。翌年，改称江苏大学，俄而再度易名，开始了国立中央大学廿二载的历史。请接着看:

“中国自然科学的发祥地”

从三江、两江，到南高、东大，从旨在培养中小学教员的师范学堂，发展为一所根据现代科学体系和欧美大学模式构建的多学科综合大学，办学思想也焕然更新，既继承了三江、两江办学中救亡图存、振兴民族的理想，又摒弃了原来强调“中体西用”、一味模仿日本的方针，在经受五四洗礼和师法欧美高等教育过程中，形成了一种以科学精神与民族精神相结合的新的办学理念。

郭秉文校长就曾强调:“不发扬民族精神，无以救亡图存;非振兴科学，不足以安邦立国”。南高师和东南大学在办学中特别重视延聘硕彦俊秀以为师资。当时任燕京大学校长的司徒雷登就曾说:“郭秉文延揽了50位留学生，每一位都精通他所教的学科。”

确实，在南高师和东南大学任教的，不是宿学名儒，就是海外学成而归的博士硕士，一时俊才云集，高标士林。文科有刘伯明、汤用彤、杨杏佛、柳诒徵、楼光来、吴宓、梅光迪等;理科有任鸿隽、胡刚复、竺可桢、熊庆来等;教育科有陶行知、陈鹤琴、孟宪承等;工科有茅以升、涂羽卿、沈祖玮等;商科有李道南、潘序伦、孙本文、胡明复等。他们“不为燥湿轻重，不为穷达易节”，独“秉持士林气节，保持朴茂学风”，耻于奔竞而重学乐教，使南高师、东南大学声誉鹊起，时人遂有“北大以文史哲著称，东大以科学名世”之赞。

中国科学社的主要发起人任鸿隽、秉志、过探先、胡刚复、杨杏佛、竺可桢等，先后受聘来校执教。科学社1918年自美迁回中国，社址就设在南高校园内，因而南高、东大不但被人们誉为“中国自然科学的发祥地”，而且在国际教育、科技界也影响日广。美国教育家、哲学家杜威，英国逻辑实证派大师罗素，印度诗人泰戈尔，德国哲学家杜里舒博士等，先后来南高、东大讲学、访问，国际学术交流十分频繁。国际教育会东方部主任、美国卡内基基金会代表孟禄博士多次考察东大后认为，东南大学是“中国最有发展前途的大学”，“将来之发达，可与英国牛津、剑桥两大学相颉颃。”