扶余历史悠久，先秦时期，这里是古濊貊人世代繁衍生息之地。西汉初期，濊貊建立了中国东北地区第一个地 方民族政权--夫余国(今扶余地方为其属地)。勿吉灭夫余后，为勿吉伯咄部居地。渤海时属夫余府，辽属宁江州，金时分属上京路隆州府利涉县和会 宁府会宁县。元朝属辽阳行中书省开元路，明朝曾在此地设置撒叉河卫，明朝后期，科尔沁蒙古人占据这里。后金立国后，在此立官军队站，称伯都讷站。

清康熙三十一年(1692年)，设副都统衙门，移吉林副都统于此，称伯都讷副都统，驻伯都讷旧城(伯都讷兵 站址)，次年建伯都讷新城(今松原市宁江区江北市区中心地带)，徙副都统衙门于此。雍正四年十二月(1727年1月)，添置长宁县，理民务，隶奉天府 尹，副都统衙门专理旗务。嘉庆十五年(1810年)置伯都讷厅，辖区为今宁江区(江北部分)、扶余市、榆树市。光绪三十二年(1906年)撤伯都讷厅， 更名为新城府，隶西北路道，与榆树分治，辖区为今松原市宁江区(江北部分)和扶余市。宣统元年(1909年)，裁副都统，结束旗民分治。

1913年(中华民国二年)，改新城府为新城县，设公署，长官称县知事;1914年4月，因与外省几县重名，遂以 此地为古夫余立国之地更名扶余县，隶吉林省滨江道，改县公署为县政府、县知事为县长。1929年(中华民国十八年)，全国取消道级建置，扶余县直隶 于吉林省。1931年“9·18”事变后，日军占领吉林省，11月，在扶余县成立伪“自治指导委员会”，建立伪政权。1932年3月，伪满州国成立，7月公布“ 县官制”，县政府改称县公署，设县长和县“自治指导员”(日本人任)。1934年，自治指导员改称县参事官。1934年12月，东北划为10省，扶余仍隶于 吉林省。

1945年8月，东北光复，苏联红军进驻扶余;11月1日东北人民自治军 (后改东北民主联军)嫩江纵队长白支队 进驻扶余。1946年2月，成立扶余县政府，隶于西满局吉江区行政主任公署;6月改属嫩江省第四专署;1947年2月，黑龙江与嫩江两省合并，扶余县改属黑 嫩省委四专署;10月，黑嫩两省分开，属嫩江省;1949年4月，经东北政委会决定，划归吉林省。5月，县政府改称县人民政府。

中华人民共和国成立后，扶余县仍属吉林省。1955年2月，属吉林省怀德专区 (1956年10月6日，怀德专员公署 改为公主岭专员公署)，12月，县人民政府改称县人民委员会;1958年9月，改称县人民公社联社。11月，扶余县归白城地区。1959年4月，恢复县人民委 员会。1968年7月，成立县革命委员会，设主任、副主任;1980年9月，县革委会改称县人民政府，县革委会主任、副主任改称县长、副县长。

1987年11月撤县，变为扶余市(县级)，仍隶于白城地区。

1991年4月，在前郭县和扶余市的基础上，成立前扶经济开发管理区，扶余改隶前扶开发管理区。

1992年7月，松原市成立，扶余市改为松原市扶余区，隶属松原市。原属前郭县的镇郊乡(前郭县镇郊乡大部和 大里巴乡两个村划归扶余区后改称兴原乡)，毛都站镇和原前郭镇属的6个街道，胜利、民主、育才3个街道的23个居民委员会合并为3个街道，划归扶余区 辖。扶余从清初设治以来第一次跨江而治，下辖35个乡镇、10个街道、两个国营农场，总人口1145011人。

1995年7月，经国务院批准，重新设立扶余县。12月，县政府移驻三岔河镇，仍隶属松原市。下辖26个乡镇、1 个国营农场和2个灌区。

2005年撤并乡镇，2006年社里乡划归松原市，扶余下辖乡镇由26个缩减为17个。

2013年2月，撤销扶余县，设立扶余市，以原扶余县行政区域为县级扶余市的行政区域。扶余市由省直辖，松原 市代管。

2015年，全市下辖5个乡、12个镇、5个街道、1个农业高效示范园区、1个农场、2个灌区、1个湿地保护区，2个 省级工业集中区、2个市级工业园区。