地形 地处九龙江下游冲积平原，地势为北部、西部、南部三面环山，中部平原，东南部临海。北部丘陵地带属戴云山脉的余脉，西南部中低山丘陵地带属博平岭的支脉。主要山峰有大尖山、狮头大山、后沟尾山、泰岗尾山等。境内最高峰大尖山位于程溪镇，海拔953.6米;最低点为港尾浯屿岛以东的九节礁中间，海拔-47米。    

气候 气候属南亚热带季风气候。其特点是降水充沛，海洋性气候特点明显，夏少酷暑，冬少严寒，自然景观四季常绿。 多年平均气温21.5℃，1月份平均气温13.5℃，极端最低气温0.2℃(1973年12月26日);7月份平均28.9℃, 极端最高气温40.9℃(2003年7月26日)。最低月均气温6.3℃(1971年1月), 最高月均气温36.0℃(2003年7月)。平均气温年较差15.8℃，最大日较15.9℃(1989年12月7日)。生长期年平均365天(全年)，无霜期年平均337天，最长达366天，最短为284天。年平均日照时数2000.8小时，年总辐射102千卡/平方厘米。0℃以上持续期365天(全年)。年平均降水量1563.2毫米，年平均降水日数134天，最多达170天(1975年)，最少为100天(2003年)。极端年最大雨量2187.1毫米(1997年)，极端年最小雨量毫米944.1(2009年)。降雨集中在每年3月到9月，6月最多。    

水文 境内河道多属九龙江流域，全区水系发育完整，河流众多，流域面积50km2以上河流有11条，主要河流有:九龙江(北溪、西溪和南溪)、汤溪等独流入海。全区多年平均降雨量1440毫米，多年平均水资源量9.0亿立方米，地下水资源量1.8亿立方米。    

九龙江流域面积14835平方公里，河长305公里，河道平均坡降 1.23‰，为我省第二大江。干流为北溪，主要支流有西溪和南溪。在境内流域面积1007.5平方公里，干流河长19.7公里。    

北溪流域面积9640平方公里，河长272公里，河道平均坡降 2.40‰。北溪发源于龙岩区西北面的博平岭梅花山一带，主要支流有万安溪、九鹏溪、新桥河、溪南河、龙津溪等。流经龙岩新罗区、漳平，华安、芗城、长泰、龙文、龙海等县(市、区)，沿程又有溪南河、龙津溪等支流汇入。自龙文区郭坑镇以下进入区境，经榜山、角美、紫泥，至大沙洲与西溪汇流。境内河长4.1公里，区间流域面积37.3平方公里。    

西溪流域面积4008平方公里，河长175公里，河道平均坡降 2.66‰。西溪干流为船场溪，发源于南靖县南坑乡葛竹村，流经书洋、梅林、进入南一水库，出南一水库后流经船场、南坑、山城镇，于双溪口与花山溪汇合为荆江，至靖城与芗江汇合为西溪，流经芗城、龙文区和龙海区，至福河汇入北溪。沿程又有支流大梅溪、小梅溪、程溪等汇入。自南靖县靖城镇郑店以下进入区境，经九湖、颜厝、榜山，至大沙洲与北溪汇流。区境内河长13.89公里，区间流域面积238.7平方公里。    

南溪流域面积657平方公里，河长为94公里。河道平均坡降 2.55‰。南溪发源于平和县南胜乡义路村邦寮山自然村红婆石山东侧笼仔，自笼仔以下经欧寮村进入漳浦县境内，曲折向东流过漳浦县的南浦、马口、官浔和龙海县的东泗、白水、浮宫等乡镇，沿途纳三坪溪、人家溪、赤岭溪等支流。 自漳浦县马铺以下进入区境，经东泗、东园、白水、浮宫、海澄，至草埔头与北、西两溪汇流河段相汇合。区境内河长57.5公里，区间流域面积368.5平方公里。    

锦江及其以下河段，大沙洲以下有浒茂、乌礁两个冲积洲，将北溪、西溪汇流后的河道，分离成北港、中港、南港三条港道，合称锦江。北港北岸为角美镇;北港与南港之间为浒茂、乌礁两洲;南港南岸为榜山镇、石码镇、海澄镇。三港于玉枕洲与大涂洲交界处汇流，区间又有支流九九坑溪、龙屿河汇入，抵东园乡的秋租村与浮宫镇的草埔头交界水域，与南溪汇流。这段港道河道亦称北、西两溪干流，计长15.6公里，流域面积363平方公里。    

汤溪位于龙海区港尾镇，地处九龙江出海口、厦门湾南岸，与金门一水相连。汤溪发源于龙海区浮宫镇内虎坑村，流经东坑、汤头村、港尾镇，于港尾镇港头圩入海。流域面积88.5km2，河长16km，河道平均坡降3.27‰。    

此外，区境潮汐有河口潮汐与海洋潮汐。石码以东至厦门港一带表现出河口潮汐特性，而北起屿仔尾、南至湖前湾的沿海广大地区为海洋潮汐。区境濒临台湾海峡，有较长的海岸线，潮汐现象强烈，同时受九龙江径流的影响，石码港与厦门港的潮汐，表现出不同的特征和差异性。    

矿藏及其他自然资源 本区已发现地热、铁、铜、铅、锌、铝土矿、锡、钼、水晶、长石、玻璃用砂、脉石英、高岭土、砖瓦用粘土、耐火粘土、建筑用花岗岩、饰面用花岗岩、建筑用凝灰岩、泥炭、矿泉水等20个矿种、168处矿产地。全区经过地质普查工作程度以上的矿区有147个。其中，地热矿区6个,资源储量:8455吨/日;长石矿区7个，资源储量:15.07万吨;高岭土矿区7个，资源储量:2091.33万吨;饰面用花岗岩矿区30个，资源储量:291.47万立方米;建筑用花岗岩(凝灰岩)矿区59个，资源储量:9930.54万立方米;砖瓦用粘土矿区22个，资源储量:235.33万吨;矿泉水矿区16个，资源储量:3487.58吨/日。

自然灾害 主要的气象灾害有台风、暴雨、高温、干旱、低温冷害、冻害以及雷电灾害等。台风灾害年均发生2次左右，影响程度不同，主要发生在7月至9月。