汉高祖五年(公元前202)始设无阳县，属武陵郡。东汉时裁无阳，并入辰阳县。

晋太康年间(280~289)，以故无阳县地置舞阳县。晋义熙年间(405~415)，迁治于故镡成县，南朝宋因之，齐时(479~502)改舞阳为阳。梁时(502~557)改阳为龙木票刂    县。

唐贞观八年(634)，以辰州龙木票刂    置巫州，龙木票刂    改龙标，又析龙标置夜郎、朗溪、思微三县。天授二年(691)，改巫州为沅州，又析夜郎置渭溪县。长安四年(704)，分沅州夜郎、渭溪二县置舞州。先天二年(713)，析龙标置舞阳县(治所在今芷江县城)，仍隶沅州。开玩十三年(725年)，沅州复为巫州，舞州易名为业州。天宝元年(742)，巫州改为潭阳郡，业州改为龙标郡。乾元元年(758)，潭阳郡复改为巫州，龙标郡复改为业州。大历五年(770)，巫州更为叙州潭阳郡，领龙标、朗溪、潭阳三县;业州更为奖州龙溪郡，领峨山、渭溪二县。唐末，马殷据湖南，叙州“蛮酋”昌师益附于楚。五代长兴三年(932)，楚王马希范以叙州潭阳县置懿州。乾礻右         三年(950)，马希萼袭位，改懿州为洽州。

宋乾德三年(965)，改洽州为懿州，遂为羁縻州。熙宁七年(1074)，撤销羁縻州，在懿州新城(今县治)置沅州，又以潭阳郡地置卢阳县。元丰三年(1080)，沅州领卢阳、黔阳、麻阳、渠阳四县，属荆湖北路。

元至元十二年(1275)，置沅州安抚司，十四年改为沅州路，领阳、黔阳、麻阳三县，属湖广行中书省。

明初改沅州路为沅州府，洪武九年(1376)，改府为州，以州治卢阳，县省。

清初置沅州，隶辰州府。乾隆元年(1736)，升沅州为府，属湖南布政使司，增置芷江县附郭。

民国元年(1912)，裁县存府;次年，裁府复县，隶辰沅道。民国11年，废辰沅道，芷江直隶于省。民国24年，属芷黔麻晃行政督察区。民国25年，属湖南省第四行政督察区;次年属省第七行政督察区，民国29年属湖南省第十行政督察区。

新中国成立初，芷江县属会同专区。1952年8月16日改属芷江专署，是年12月，芷江专署易名黔阳专区。1968年改称黔阳地区，1981年6月30日更名为怀化地区，芷江县随隶之。社建制改为乡镇建制，全县辖1个镇28个乡。1985年末，全县辖4个镇25个乡。1986年9月22日，经国务院批准，撤销芷江县，设立芷江侗族自治县。1997年11月29日，怀化地区改设为怀化市，芷江侗族自治县随之改属怀化市，至今无变。2015年底乡镇机构改革,全县辖9乡9镇,9乡为:禾梨坳乡、洞下场乡、冷水溪乡、梨溪口乡、罗卜田乡、牛牯坪乡、水宽乡、大树坳乡、晓坪乡;9镇为:碧涌镇、公坪镇、三道坑镇、楠木坪镇、土桥镇、新店坪镇、岩桥镇、罗旧镇、芷江镇。