| 人文学院 | 新闻传播学院 |
| 外文学院 | 艺术学院 |
| 国学研究院 | 海外教育学院 |
| 国际学院 |
| 经济学院 | 王亚南经济研究院 |
| 管理学院 | 财务管理与会计研究院 |
| 法学院 | 厦门国际法高等研究院 |
| 知识产权研究院 | 公共事务学院 |
| 公共政策研究院 | 马克思主义学院 |
| 国际关系学院 | 教育研究院 |
| 台湾研究院 | 南洋研究院 |
| 海峡两岸发展研究院 | 体育教学部 |
| 继续教育学院 | 南海研究院 |
| 两岸关系和平发展协同创新中心 | 高等教育质量建设协同创新中心 |
| 数学科学学院 | 物理科学与技术学院(理学部分) |
| 化学化工学院(理学部分) | 固体表面物理化学国家重点实验室 |
| 能源材料化学协同创新中心 |
| 物理科学与技术学院(工学部分) | 化学化工学院(工学部分) |
| 信息科学与技术学院 | 软件学院 |
| 材料学院 | 建筑与土木工程学院 |
| 能源学院 | 萨本栋微米纳米科学技术研究院 |
| 醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室 | 厦门大学生物仿生及软物质研究院 |
| 航空航天学院 | 石墨烯工程与产业研究院 |
| 电子科学与技术学院 |
| 生命科学学院 | 公共卫生学院 |
| 药学院 | 医学院 |
| 细胞应激生物学国家重点实验室 | 分子疫苗学和分子诊断学国家重点实验室 |
| 国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心 | 生物医学研究院 |
| 附属中山医院 | 附属第一医院 |
| 附属东南医院 | 附属东方医院 |
| 附属厦门眼科中心 | 附属成功医院 |
| 附属福州二院 | 附属翔安医院(附属医院筹备组) |
| 附属心血管病医院 | 厦大实验动物中心 |
| 细胞生物学协同创新中心 |
| 海洋与地球学院 | 环境与生态学院 |
| 海洋与海岸带发展研究院 | 近海海洋环境科学国家重点实验室 |