作者:贾穗南

明王朝建立后，各省实行三司分治，布政使司主管民政与财政，提刑按察使司主管司法，都指挥使司主管军事。三司互不统属，不能兼任，权归中央，听命于朝廷。
因为两广(广东、广西)瑶民、僮民的“酿乱”，朝廷不得不高度予以重视。《明史·职官志二》云:“永乐二年(1404年)，遣给事中雷填巡抚广西”，“十九年(1421年)，遣郭碹、艾广巡抚广东”，地方文武官员均受节制。
巡抚的设立，实际上打破了三司分治制度，但两广巡抚各有侧重。文渊阁大学士、礼部尚书邱浚云:“两广同为岭南地，其地势土俗大段不同。广西山岭崎岖，林薄深阻其中，皆瑶、僮窟穴，编民错居其间。广东十府，惟肇、高、廉三府地方犬牙交错，雷州府惟遂溪县，广州府惟连州与之相近，其余皆滨大海，地势平易，无有山林险阻。自洪武、永乐以来，朝廷惟命总兵官镇守广西，而广东一方，惟以备海洋、倭寇为急，未闻有瑶患侵犯也。”
正统至景泰年间(1436-1457年)，情况发生了变化，两广的瑶民、僮民不堪朝廷官员的盘剥，再度举行大规模的起义。
为了镇压两广的瑶民、僮民起义，朝廷将两广的军事重心移往三江(桂江、浔江、西江)水口的广西梧州。
景泰三年(1452年)，广西浔州(今桂平)、梧州的瑶民、僮民再度举行起义，反抗官府压迫。而广东总兵官董兴、广西总兵官武毅因无上司的节制，“推诿不任事”(《明史·王翱传》)，造成局势恶化。
为了改变这种状况，兵部尚书于谦奏请朝廷，以镇守琢州等处署都督佥事陈旺、镇守雁门关署都指挥使翁信取代广东总兵官董兴、广西总兵官武毅，特遣右都御史王翱总督两广军务，主管镇压两广的瑶民、僮民起义，自总兵以下皆听节制。
这是两广设置总督的开端，乃战事的临时建制，府署随着征讨瑶民、僮民起义的战事而移驻。
王翱出任两广总督后，不是对瑶民、僮民的反抗斗争专恃武力镇压，而是“将吏 服，推诚抚谕，瑶人向化，部内无事。”(《明史·王翱传》)
成化元年(1465年)，韩雍任左都御史，总督两广军务。
由于当时的广西是平瑶、平僮的前线，两广总督赴任一般要经过广东肇庆，有些两广总督干脆坐镇肇庆指挥，待到局势稍为稳定后，才到广西梧州坐镇。
成化五年(1469年)，两广总督韩雍在广西梧州创建总督府署，这是中国历史上的第一个总督府署。
正德十四年(1519年)，两广总督改称为“两广提督”。
嘉靖十五年(1536年)，两广提督钱如京在肇庆府设立督抚行台。自此以后，肇庆府作为两广提督(或两广总督，或广东巡抚)的临时办公地方。

嘉靖三十五年(1556年)，两广提督谈恺、征蛮将军王瑾“会兵于端州”，以肇庆府为行台，指挥镇压新会、恩平、新兴、泷水一带的瑶民起义，《平岭西纪略》碑载有其事，今存梅庵。
嘉靖四十三年(1564年)，德庆州泷水县罗旁山成为两广的军事主战场，又因为广东惠州、潮州海寇猖獗，外患日趋严重，而广西梧州与惠州、潮州相隔2000里，文檄往来与征调为难，两广提督吴桂芳便将两广提督府署从梧州迁到肇庆(今肇庆市人民政府所在地)。
自明代嘉靖四十三年(1564年)起，至永历三年(1649年)止，共86年，驻肇庆的两广提督、总督有:吴桂芳、谭纶、张瀚、刘焘、李迁、殷正茂、凌云翼、刘尧诲、陈瑞、郭应聘、吴文华、吴善、刘继文、萧彦、陈榘、陈大科、戴曜、何士晋、张鸣冈、商周祚、周嘉谟、王尊德、许宏纲、胡应台、陈邦瞻、王业浩、李逢节、熊文灿、张镜心、沈犹龙、丁魁楚、王化澄、林佳鼎、朱治 、李成栋、李栖鹏、阎可义、李建捷、罗承耀、杜允和等。
自清代顺治十二年(1655年)起，至乾隆十一年(1746年)，共92年，驻肇庆的两广总督有:佟养甲、李率泰、王国光、李栖凤、卢崇 、卢兴祖、周有德、金光祖、董重民、吴兴祚、石琳、郭世隆、赵宏灿、杨琳、孔毓 、郝玉麟、鄂济·弥达、马尔泰、佟佳·庆复、戴佳·那苏图等。