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一、土地资源
花都的土地资源不充裕。1995年出版的《花县志》记载，据1982年土地资源概查，花县土地总面积961.134平方千米，每平方千米平均有432人，比全省多168人，为全国平均人数的4.3倍。海拔50米以下平原占地共59294.83万平方米，占花都总面积的61.69%;海拔50米以下高、中丘陵为主的面积有30312.56万平方米，占总面积的31.5%;水域面积6506.02万平方米，占总面积的6.8%;除江河外，能利用的水域面积3817.36万平方米，占总面积的3.97%。据1986年土地资源详查，境内土地总面积为1438931亩(959.287平方千米)，按该年人口数计算平均每人有土地3.12亩(2080平方米)，低于全省平均水平。全市耕地面积(含水田、旱地和菜地)32845.5万平方米，仅占土地总面积的34.24%。土地后备资源不足，据1986年测算，全境未利用土地6666.67万平方米，大多属难利用土地。撤县设市前的1992年末，全县耕地总面积21999.67万平方米。1993年以后，由于交通与城市建设发展和农业内部产业结构调整，非农业用地需求量增大，耕地面积逐渐减少。2000年，花都的总面积960.38平方千米，按年末总人口617638人计，人均土地面积1550平方米，仅为全省人均2060平方米的3/4强。年末，花都区实有耕地面积16687.6万平方米，比1992年减少24.14%，全区人均耕地不足270平方米，保护耕地任务十分艰巨。
二、矿产
境内已发现矿产18种。储量大且开采价值高的有石灰石、花岗岩、高岭土(瓷土)等。其中石灰石的储量在珠江三角洲具有优势，蕴藏量为13.5亿吨(按采至海拔标高-50米计算)，品质优，氧化钙(CaO)含量达50%以上，主要分布在赤坭、炭步、狮岭、新华、花山等镇，呈南北走向。花岗岩储量在290亿吨以上，硬度6.5度以上，分布呈东西走向，各镇均有分布，其中新华、炭步两镇分布较少。高岭土(瓷土)储量100万吨以上，均属中低温瓷砂，主要分布在梯面、花山、芙蓉、北兴镇，呈不规则走向，生长形态为“鸡窝状”。黏土(含砖瓦用黏土)储量3000万吨以上，各镇均有分布。矽砂原有储量65万吨，主要分布在花东、北兴、赤坭、炭步、新华镇境内，20世纪90年代后期基本被采完。
三、水资源
地表水境内河流虽多，但河程短，集雨面积不大，地表水主要来源于降雨产生的地表径流。据20世纪80年代初的调查，境内年平均径流量11.59亿立方米，丰水年径流量为16.34亿立方米，枯水年径流量约7.3亿立方米。按当时人口计算，人均占有水量2556立方米，耕地亩均水量2930立方米。按2000年末花都总人口和耕地计算，人均径流量为1979立方米，亩均耕地径流量4631立方米。
除降雨产生径流外，流溪河、白坭河、芦苞涌等过境客水可资利用。流溪河年径流量近20亿立方米，大坳及李溪拦河坝年引水量约1.76亿立方米。白坭河每天二次涨潮，潮水量约398万立方米，可供沿岸抽水站提用。
地下水境内的地下水分为浅层地下水(第四系松散孔隙水)和深层地下水(基岩裂隙水)。据80年代初调查，浅层地下水资源有2.09亿立方米。深层(地表100米以下)地下水分为三个区:第一区为块状岩类裂隙水区，分布于北部花岗岩山丘，年均水量399972.72吨/日。此区水量较丰，但远离农田。第二区为层状岩类裂隙水区，分布在东、西部及中、南部丘陵岗地，年均水量156171.61吨/日。此区虽近农田但水量不丰。第三区为上复松散岩类孔隙水区，分布于南部平原地区，年均水量152314.09吨/日，可开采量为110065.71吨/日。此区近农田及村镇，是开采利用的理想区。
四、动物
多年来，由于不注意生态环境和资源保护，境内的自然环境不断受到污染，鹤群他迁，珍稀动物濒临绝迹，野生动物数量锐减。1995年出版的新编《花县志》所列当时常见的动物仅有110种，其中脊椎动物83种、节肢动物21种、环节动物2种、软体动物4种。
90年代，花都林业管理部门进一步加强了野生动物的保护工作，每年都在王子山森林公园放生一批穿山甲、巨蜴(俗称“五爪金龙”)等国家保护动物，增加境内的存活量。
1998年7月，在规划建设位处梯面镇西坑的广东王子山森林公园的调查时，发现该处野生动物资源较为丰富。现时境内常见的爬行动物有龟(金钱龟、草龟、鹰嘴龟)、螺(赤风螺、田螺、坑螺、苦螺)、蚯蚓、蛇(蟒蛇、金环蛇、银环蛇、眼镜蛇、过山风、百步蛇、金钱蛇、广朗蛇、涉跳蛇、青竹蛇、四脚蛇);常见的水产类有虾、黄鳝、白鳝、生鱼、塘虱、山坑鱼;昆虫类有蝴蝶、蜻蜓、螳螂、蚱蜢、蝉、金龟子、蚕、蝗虫、蜂;鸟类有白鹇、燕隼、小鸦鹃、褐翅鸦鹃、斑头鸺 、领角 、喜鹊、麻雀、乌鸦、黄鹤、啄木鸟、猫头鹰、鹧鸪、百灵鸟、黄莺、翠鸟、野鸭、禾林鸟、燕子、相思鸟、雉鸡、画眉、杜鹃、斑鸠、锦鸡、白头翁、红尾雀、鸳鸯、朱顶雀、白腹锦鸡。
五、植物
据1998年7月调查，境内植物分3门139科371属568种，其中蕨类植物16科22属31种，裸子植物2科2属3种，被子植物121科347属534种(双子叶植物105科278属435种，单子叶植物16科69属99种)。常见的草本植物和木本植物除粮食、油料、水果、瓜菜等农作物外，野生树种有桷、鸭脚木、乌桕、黄檀、荷木等;人工栽种的树木主要有马尾松、黎蒴、油桐、稠木、隆缘桉、柠檬桉、柳苦楝、木麻黄、台湾相思、大叶相思、落羽杉、池柏、湿地杉、茶、榕、木棉等。境内树种有300余种。
常见的竹类有广宁竹、粉单竹、撑篙竹、黄竹、青竹、泥竹、笋竹、观音竹和篱竹。中药资源较丰富，1985年中草药资源普查发现，境内有药材品种113个，其中野生和人工栽培药用植物100多种，野生药用植物大多分布于境内北部、东北部和西部的山岭。
现存国家二级保护植物有格木、粘木、观光木，分布于北兴镇水口营村及梯面镇西坑王子山森林公园等的山林中。在花东镇 (蟾蜍)石水库附近，生长有巴戟、吊皮锥、紫荆木、金毛狗、土沉香等珍稀保护植物。
1999年，花都林业局对百年以上的古树名木开展调查登记。调查结果，全市百年以上树龄古树有471棵，其中榕树214棵、格木206棵、木棉12棵，大叶榕、龙眼、红桂木各6棵，其余为土蜜树、芒果、马尾松、山杜荆、银稔等树。2000年，中国科学院华南植物研究所科研人员在梯面镇西坑汶塘村调查林业资源时，首次发现珍稀的国家保护植物“桫椤”和“黑桫椤”。2004年4月4~5日，《花都新闻》记者在芙蓉嶂距白沙田约3000米处公路旁和梯面镇茅峰、王子山的山林中首次发现珍稀植物“禾雀花”。
现时常见野生植物:
草本类:芒箕、芒草、茅草、蕨类、鹧鸪草、黑莎草、棕叶芦、淡竹叶、地稔、草珊瑚。
木本类:马尾松、桉树、马占相思、樟树、木荷、黄樟、山乌桕、黄杞、假草婆、凸脉榕、中华楠、山杜荆、铁冬青、降真香、鸭脚木、黄牛木、山苍子、云南银柴、三丫苦、盐肤木、泡桐、黄毛榕、八角枫、多花山竹子、翻白叶树、木姜子、大头茶、吊钟、黎蒴、岭南槭、枫香、酸枣、山牡英、太平杜鹃、小果石笔木、密花树、红皮紫棱、胡氏青风、卵叶牡鹃、厚皮香、网脉小龙眼、红锥、华润楠、潺槁树、绒楠、华鼠刺、甜茶 、青果榕。
药材类:鱼腥草、狗肝菜、胡颓子、金银花、地胆头、金樱子。