1993年5月，防城港市成立，辖港口区、防城区(含东兴经济开发区)、上思县。 1995年，防城港市调整行政管理区域，港口区设公车、光坡、企沙3个镇和白沙氵万、渔洲坪2个街道办事处;防城区设防城、江平、东兴、华石、那梭、马路、那良、峒中、大菉等9个镇，附城、滩营、茅岭、江山、那垌、板八、那勤、扶隆、平旺等9个乡;上思县设思阳、在妙2个镇和思阳、那琴、东屏、公正、叫安、华兰、平福、七门、南屏等9个乡。1996年4月29日，东兴经济开发区改设为县级东兴市，原防城区的东兴、江平、马路镇归东兴市管辖，防城港市辖2区(防城区、港口区)、1县(上思县)、1县级市(东兴市)共4个县级行政区域。2002年起，防城区和上思县的部分乡镇先后进行撤并，至2006年撤并工作完成，全市有2街道、14镇、10乡(1民族乡)。其中港口区辖渔洲坪、白沙氵万2个街道办事处和公车、光坡、企沙3个镇;防城区辖防城、华石、那梭、那良、峒中、大录6个镇和扶隆、滩营、茅岭、江山4个乡;上思县辖思阳、在妙2个镇和叫安、华兰、南屏、平福、那琴、公正6个乡，其中南屏为全市唯一民族乡;东兴市辖东兴、江平、马路3个镇。2013年，区域调整，12月26日，防城区十万山瑶族乡挂牌成立;防城镇改设水营、珠河、文昌三个街道办事处，全市共有2街道14镇11乡(2民族乡)。

 乡级以上行政区域(2013年)