清华文库主要收藏清华学人(包括曾在清华任职的教师、工作人员和历届校友)的个人学术著作;清华自建校以来的校刊及其他内部或对外出版刊物，以及各种有关清华人、事、物、历史等的书籍资料等。具体包含以下收藏。
(1)普通校友文库:收藏清华学人(包括曾在清华任职的教师、工作人员和历届校友)捐赠的个人学术著作。
(2)名人专架:收藏从清华大学走出的名师大家们的学术著作及传记著作，人物包括梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任、冯友兰/宗璞、朱自清、闻一多、潘光旦、梁思成/林徽因、文洁若/萧乾、顾毓琇、沈从文、邓叔群、吴晗、费孝通、季羡林、钱钟书/杨绛、许渊冲、杨振宁等人。
(3)院士文库:收藏包括张光斗院士在内的清华70多位在职院士和200多位校友院士捐赠的学术著作和个人资料。
(4)人文名师文库:收藏清华人文名师捐赠的个人著作和藏书，例如清华校友、中宣部原副部长、中央党校原副校长龚育之先生的著作及藏书;著名的历史学家、古文字学家李学勤先生的著作及藏书。
(5)清华机构出版物:收藏清华九十年代以后校内各单位的内部资料和出版物，例如《新清华》、《清华校友通讯》等清华自办报纸、杂志等。
(6)清华资料:各种有关清华人、事、物、历史等的书籍。
(7)清华主办的国际会议论文库:每年校内各院系和学术组织机构都会发起、主办一些国际上有影响的、成系列的学术会议，相关的会议文献资料大多汇集成册，部分正式出版。我们将这部分会议文献集中收藏，以供读者进行学习和研究使用。

实物珍品:“清华文库”除收藏以上类型的赠书外，还收藏校友捐赠的其它珍品，包括各种非书资料，如名人手稿、笔记、书画、照片和物品。例如文洁若女士在清华读书时使用的校徽、她与先生萧乾的部分获奖证书、手稿、奖杯、奖品;朱鉴荣校友捐赠的闻一多先生手书条幅等等。

除清华文库的实体建设之外，我们还将许多数字化的特色资料集中在网络清华文库中展示并面对读者进行服务，例如陶葆楷、常迵、黄万里等一大批清华名师的个人资料，清华早期校刊等等。