在日本占领台湾期间，日本人在原清朝供奉郑成功祠庙旁兴建“开山神社”，也用来供奉郑成功。同时号称“日本莎士比亚”的著名剧作家近松门左卫门(1653-1724年)曾写了一部以国姓爷为题材的歌舞伎剧，风靡一时，在日本出版界开创了一门“国姓爷文学”。其后，日本连续出版很多取材于郑成功的文学作品，形成一个系列。直到二战以后，日本出版界仍对郑成功情有独钟。不仅上田微古馆的《郑成功的盔甲》一书仍是日本男女老幼津津乐道的通俗演义，中山光义的《国姓爷合战》(1952年)一文还被收入青少年世界名著文库。此外，饭泽匡的《国姓爷》(1956年)也被收入日本国民文学全集。在郑成功诞生200年后，日本人在其诞生地建立了一块郑成功纪念碑，碑上镌刻着由平户藩儒臣叶山铠轩撰写的碑文。碑文撰述了郑成功父亲在日活动，并郑成功一生经历，颇有史料价值，兹节录如下:

“明延平郡王郑将军成功，初名森，字大木，小字福松。其父芝龙福建南安人，以庆长壬子来本邦。幕府召见，问以外国事，命馆长崎。遂徙吾平户“河内浦”，娶土人田川氏女。屡访藩士家，学双刀技。既而田川氏娠，一日出游千里滨，拾文贝，俄将分娩，不暇还家，乃就滨内巨石以诞，是为成功。实宽永元年七月也。土人今犹名其石曰“儿诞石”。田川氏复生一男。芝龙留妻及儿，屡往来外国，称平户老一官。成功年七岁，芝龙请使妻儿渡海，幕府听之。母以弟犹幼，不肯俱往。成功数致书迎之，乃诣长崎，渡海。弟之冒田川氏，称七左卫门，留住长崎。芝龙入海寇颜思齐党，颜死而其党归芝龙，遂收台湾，仕明，积军功，封平国公。成功稍长，风仪秀整，倜傥有大志，读书亦颖敏，不治章句。明主隆武一见伟之，赐姓朱，改今名;拜御营中军都督。于是人或称“国姓爷”，不名。母亦寻封“国夫人”;在泉州城为清兵所围，城陷，军民皆溃。田川氏叹曰:“事既至此，何面目复见人耶。”登城楼，自刭投水死。清兵曰:“妇女尚尔，倭人之勇可知。”芝龙保安平，与清将窃通信纳降;成功泣谏不听，遂降。先是黄征明、赍隆武及芝龙书、币，诣长崎乞援兵。幕府下议执政及三藩，三藩皆欲出援兵。议未决，适报芝龙降清，乃谕诸侯以援兵议罢。成功谏父不听，且痛母死非命，慷慨谋起义兵。时虽列爵，未尝豫兵。诣孔庙，焚儒服，拜揖而去。纠众，得数千人，称“忠孝伯”、“招讨大将军”。闻永历即位，改元奉朔，据南澳。郑鸿逵据白沙、郑彩据厦门、郑联据梧州，互相犄角;攻略沿海郡县。陷同安，进侵泉州。又袭夺彩军，始据厦门。连陷漳浦、诏安;南靖平和、海澄、长泰。进围漳州，凡六阅月，城中食尽，人相食，死者枕藉七十余万人，援至，解围而去。越三年，复攻漳州，清将刘国轩降，献城。于是，成功就厦门立府，改名“思明州”，分所部为七十二镇。设六官，分理所务，择贤任之，便宜封拜。其所施为，鼓动一世。永历遣使就拜成功“延平郡王”，命图恢复。吾万治元年，成功奉敕欲取金陵，定南都。乃大举北上，众号八十万，陷浙江诸州县。二年七月攻陷镇江，登岘山，大飨士卒。令全斌、黄昭等守镇江，属邑皆下，直欲进取金陵。甘辉曰:“瓜镇为南北咽喉，但座镇此断瓜州，则山东之师不下，据北固，即两浙之路不通，南都不劳而定。”成功不听，竟薄金陵而败走。甘辉死之，成功乘流出海还厦门。三年五月，满、汉大兵分道来侵。成功自勒所部，扼海门。北人不谙水性，晕注失列，成功乃横击之。北兵弃船，登奎屿又从鏖战。北将达素仅以身免，还福州自杀。竟成功之世，北兵不敢来窥。成功以厦门单弱，亟思拓地。先是因中国骚剧，红毛酋窃占据台湾。成功率兵攻之，遂招降其酋以复台湾，以赤崁城为“东宁府”居之。永历蒙尘，声问不通，成功叹曰:“沿海幅员上下数万里尽弃之，英雄无用武之地。然息兵休农以俟时，未晚也。”于是制法律、创学官、计丁庸、养老幼，台人大集。吾宽文二年，清改元康熙，使吴三桂攻永历于缅。缅酋内叛，永历殂于三桂之手，明亡。讣至，成功愤惋得疾而卒，年三十九。子经嗣，奉明正朔，北兵屡来侵，辄击却之;又出兵攻略闽、广诸州。经或作锦，病而殁于东宁，年三十二。子克塽嗣，幼弱，政出多门。清人侦知，击灭台湾，克塽降。年十四至京，授“汉军公”，敕令归葬父祖于南安。

现在日本九州平户市川内浦地方，还保留着他的故居以及他亲手种植的竹柏树。近年来，日本人为了祭祀他，还在郑故居附近的九山公园内修建了一座纪念他的香灵庙。