2000年，原市中区辖5个街道、21个镇、13个乡。

2003年12月18日，分遂宁市市中区行政区，设遂宁市船山行政区。

2003年12月18日，撤销遂宁市市中区，以原市中区的行政区域设立遂宁市船山区和安居区。船山区辖原市中区的唐家、北固、西宁、保升、老池5个乡和桂花、新桥、南强、复桥、仁里、永兴、河沙7个镇以及高升、南津、凯旋、镇江寺、介福、育才、富源路、广德、嘉禾9个街道。区政府驻北辰街。

2004年，船山区辖13个街道(广德、灵泉、慈音、九莲、龙坪、嘉禾、凯旋路、高升街、育才路、南津路、介福路、富源路、镇江寺路)、7个镇(南强、复桥、永兴、仁里、河沙、新桥、桂花)、5个乡(北固、保升、唐家、老池、西宁)。

2004年9月30日，撤销北固村的建制，设立九莲街道办事处(北兴、九莲两个社区居委会)。

2005年1月，九莲街道挂牌成立，由遂宁开发区管委会代管。

2008年，船山区辖13个街道、7个镇、5个乡:南津路街道、凯旋路街道、高升街街道、镇江寺街道、育才路街道、介福路街道、嘉禾街道、广德寺街道、富源路街道、龙坪街道、灵泉寺街道、慈音街道、九莲街道、南强镇、仁里镇、复桥镇、永兴镇、河沙镇、新桥镇、桂花镇、西宁乡、老池乡、保升乡、唐家乡、北固乡。其中，九莲街道由遂宁经济技术开发区管委会代管。

2010年12月船山区南强镇更名为龙凤镇。

2013年船山区富源路街道一分为二，拆分为富源路街道和南强街道。

2018年船山区富源路街道一分为二，拆分为富源路街道和金家沟街道。

2019年撤销复桥镇、高升街道办事处建制。