卫斯理(刘德华)，一个从事跟踪、调查神秘事件的男人，是联合国外星生物分析局的特别成员，处理地球上一切和外星生物有关的事件。一次，卫斯理在古董店参观一块奇异的蓝色人骨时，遇到了少时曾有一面之缘的蓝血人-- 拥有蓝色血液的外星人，「她」的名字叫方天涯(关芝琳)，外表就和一般美女无异。卫斯理正想留住方天涯，这时附近却发生了一宗外星生物突袭事件，美国的外星生物调查机构--隶属FBI的Double X Unit小组 奉命到场，由队中精英白素(舒淇)和白奇伟(张耀扬)兄妹领队。白氏兄妹带领着X组精锐部队进入事发大厦，与具有A级战斗力的外星生物交战。卫斯理也前来助阵，无奈，不敌强大的对手，身受重伤，而方天涯亦在此时再次现身，以奇异的力量救了卫斯理，杀死了强大的外星怪物。

原来方天涯乃蓝血星人「深蓝[又称蓝血星]--猎户星座中最明亮的星体」，六百年前为保护蓝血圣经而离开故乡，在回程时遇上了流星雨，天涯便乘逃生仓来到地球，更和弟弟失散，而蓝色的人骨，正是天涯的弟弟tan所有。

卫斯理受伤昏迷期间，被白氏兄妹所救，而白素在照顾卫斯理之时，竟禁不住对卫暗生情愫，但卫斯理的心中记挂的却是在脑海中留下深刻记忆的方天涯，卫斯理遂借X组的最高负责人威尔逊之力，动用X组中的特异功能人士，以脑电波找寻方天涯的去向，但威尔逊为了在美国国会中得到绝对的权力，竟利用卫斯理找到方天涯，暗中派人把天涯掳走，并进行了一连串不人道的实验，卫斯理抗议无效，反被软禁。白氏兄妹看不过眼欲阻止，却被威尔逊解除武装，免去职务 …….

再此同时，两名来自蓝血星的异类生物Kill(郑浩南)和Rape(黄佩霞)降落地球，原来本一向和平宁静的蓝血星，被凶残太空侵略者「获壳衣毒间」感染，此刻Kill和Rape到来，就是想找到蓝血圣经，获得无穷的力量。Kill和Rape凶残无比，他们找到了被X组通缉的大骗子郭博士(王晶)，郭眼见性命不保，答应带Kill到X总部找寻方天涯。在小王的领路下，Kill和Rape突然袭击X总部，将威尔逊和大批X组员杀死，X总部也以自毁爆灭。卫斯理、方天涯和白素逃出。

卫等人回到香港，便和联合国人员与Double X 交涉，要他们交出Tan，从而得知Tan在日本，天涯获悉后，十分开心，并马上联络上Tan，知Tan次日会到香港会面，涯听后情不自禁吻卫，二人终爆发激情，进行了一次外星异物和地球人灵与欲的彻底沟通--神交…… 但被白素见到，素伤心不已。

次日，Tan突然出现与天涯相见。Tan叫天涯与Rape，Kill合作，交出蓝血圣经便可回故乡，天涯拒之，Tan用计抢走蓝血圣经和天涯，Tan将天涯带到废置工厂见Kill和Rape，Tan打算交易……

这时，小女孩过脑电波联络天涯，告知卫，天涯深爱着他，卫心如刀割。白素赶到，带来一批武器，决定和卫一同与外星生物决一死战，营救天涯和蓝血圣经......