为了全面提升科学研究水平，不断完善科研管理办法，学校建立了以主管科研副校长领导、科研处具体管理、专业系部主任负责的科研工作管理体系，通过了《新疆工业高等专科学校科研工作条例》、《科研项目管理办法》、《科研项目经费管理办法》等科研管理文件。构建了有效的科研激励机制，通过了《新疆工业高等专科学校科研工作奖励办法》等文件，加大对科研成果的奖励和对科研课题资金配套的扶持力度，调动了学校教师从事科技创新、技术开发工作的积极性和主动性。
学校的科研工作坚持以科技创新、科研成果转化，技术开发服务为主导，加强科研为生产一线科技服务能力，努力提高承担自治区科研项目的能力，以新疆煤炭、煤电、煤化工大发展为机遇，积极争取自治区科技厅、乌鲁木齐科技局等科研部门及工矿企业的科研课题，把解决自治区涉煤行业的技术难题作为科研重点，积极开展面向工矿企业科技攻关，成果转化，技术服务工作。2007-2011年间学校共承担自治区科技厅、乌鲁木齐科技局、自治区教育厅等纵向科研项目42项。承担自治区工矿企业科研、技术开发等横向课题22项。出版著作、教材53部，发表论文491篇，其中被SCI、EI三大检索收录的47篇，国家核心刊物发表151篇。获得国家专利37项，26人次获得市级以上科研奖励，获得一项自治区科技进步奖二等奖，获得一项乌鲁木齐市科技进步三等奖。拥有一所自治区级煤矿机电工程技术研究中心，学校获得乌鲁木齐市科技局科技信用A级单位称号。
学校加强产学研合作，与自治区16家工科类科研院所签署了科研合作协议，整合双方科技资源，联合进行课题的申报与技术攻关，在科研院所聘任了100余名客座教授参与学校的教学、科研工作。学校与新疆多个工矿企业建立了产学研合作关系，与新疆中煤矿山设备制造维修有限公司联合成立了煤矿机械研究所。在学校专业科研团队基础上建立了煤炭技术研究所，构建了学校的科研平台。
学校科研工作遵循“教学带科研，科研促教学”的方针，坚持科研为教育教学服务，推动大学生科技创新活动，增强大学生科技创新素质。学校先后成立“大学生电子协会”“大学生发明协会”“大学生数学建模协会”“大学生机械创新协会”等科技协会，积极参加国家及自治区各项科技竞赛，在 “挑战杯” 全国大学生课外科技作品竞赛、全国大学生电子设计竞赛、“全国机器人大赛武术擂台赛”、“全国大学生数学建模竞赛”等全国大学生比赛中取得多项优异成绩。
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