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乾隆皇帝东巡时兴一女子夏雨荷有一段露水姻缘，并生下一个女儿夏紫薇。多年后，夏雨荷病逝。紫薇偕丫环金锁带着当年乾隆留下的信物，从济南千里迢迢到北京城去与失散多年的父亲相识。
主仆两人到京城后根本无法进宫面圣，在走投无路之际遇上了女飞贼小燕子，并结为好友。小燕子热心为她想办法混入宫，但在阴差阳错中与紫薇互换了身份，成为清宫中
京城的街道上，“还珠格格”一行人，正热热闹闹的出巡，而街头的一角，紫薇和金琐则无法置信的望着这一幕，心想着:难不成小燕子真的背叛了紫薇吗?
时光追溯到数月前，举目无亲的夏紫薇，带着婢女金琐，以及母亲所留给她的信物，打算到北京城来与父相认，而她的父亲，也正是当今大清朝的皇帝乾隆。
在相认的途中，紫薇巧遇了刚大闹完梁大人官邸的女贼小燕子，并且还帮了小燕子的忙，躲避了官兵的追踪，使得两人均对彼此留下了深刻的印象即分别。
不久后，紫薇再度在路上遇见了正在卖艺骗钱的小燕子，此时，一名歹徒欲强抢紫薇的包袱，这会是由小燕子出手救了紫薇，就这样，两名小姑娘结成了好友，这个故事也就此展开了。
紫薇和小燕子相识没多久，便结成了好友，两人个性截然不同，小燕子爽朗开放，紫薇温雅娴静，却能彼此相容契合，为周遭带来欢笑。小燕子见紫薇一名女子独自带着金琐在外寻亲，无人照料，便提议紫薇搬进大杂院中与自己同住，两人友情发展迅速，过没多久，在众人的见证下，两人结拜成了姊妹。
紫薇信任小燕子，因而决定将此次进京的理由告知小燕子，也就是和乾隆相认。小燕子听后大惊，但随即便拍胸脯表示，定会义不容辞的帮助紫薇，好使紫薇能够顺利认父成功。
小燕子千万百计地打听到了乾隆狩猎的消息，便带着紫薇翻山欲直接将信物交给乾隆，但因紫薇身体不适，小燕子遂自告奋勇，带着紫薇的信物，独自去见乾隆。
狩猎场内，永琪和尔康、尔泰正在比试狩猎，不料，永琪的箭竟直接地误射入小燕子的身上。
小燕子误被永琪射伤，令众人大惊，而乾隆见了小燕子身上所背之摺扇及烟雨图，则更是震慑，不但没将私闯围场的小燕子问罪，反倒将她带回了宫中，并要太医们给予其她最悉心的照料。
话说烟雨图及摺扇，此乃乾隆当年微服出巡时，和一名女子夏雨荷相恋时所留下之信物，如今时光已匆匆过了十九年，而小燕子看来也不过十八、九岁，再加上小燕子在昏迷时所隐约吐露出的找皇上之类的言语，更加使得乾隆坚信小燕子就是他的亲生骨肉。
而小燕子在清醒后，竟被乾隆的细心照顾及皇宫内的富丽堂皇所迷惑了，糊里糊涂地，便认了乾隆这个爹。紫薇四处寻找小燕子不成，深怕小燕子被当成刺客而被乾隆问斩，因而深深自责不已。不料，金琐却提出了不同的意见，认为紫薇如今遗失了其视之比生命还重要的摺扇和卷轴，又该如何呢?
小燕子身体终于逐渐康复，在令妃的陪同下，小燕子认识了永琪和尔泰，小燕子大刺刺的性格，使得她立刻就和两个年青人结成了好友。
善妒的皇后对于乾隆长期以来的风流韵事早有不满，此回乾隆居然平白无故冒出了个来自民间的女儿，又被令妃所照料着，更是使她心有芥蒂，强烈排斥着小燕子。但乾隆的整颗心早己沈溺在当年和夏雨荷间山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在对质的过程中有许多叙述不清的地方，乾隆仍旧认定了小燕子就是他失散多年的女儿。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已过世的消息，更令他想藉着这个时机，好好的补偿小燕子多年来所欠缺父爱。
在大臣纪晓岚的建议下，小燕子以义女的名义，被乾隆封为“还珠格格”，并准备在祭天大典时，召告天下世人。紫薇于祭天大典时发觉小燕子竟成了格格，这使她惊讶不已，直觉认定小燕子背叛了自己，因而在街上情绪失控的大吼，却换来了官兵们的一阵毒打。
尔康发觉事有蹊跷，将紫薇带回家中疗养，加上紫薇对于夏雨荷之事的详尽叙述，使得众人对于小燕子的身份，开始起了怀疑。
小燕子为求能见紫薇一面，居然将自己化妆成了小太监，并打算趁深夜里偷溜出宫，但皇宫禁备深严，岂会让她如此轻易地就离开。乾隆得知此事后，虽然原谅了小燕子，却也坚定了乾隆要好好教导小燕子礼数的决心。
紫薇得知了小燕子伪装出宫欲见自已之事而感动不已。在尔康及尔泰的建议下，众人决议将事实告知永琪，透过永琪的里应外合，尽快让紫薇及小燕子见面，好让事情及早水落石出。
小燕子在永琪和尔泰的面前，竟然没推托的便将事实全招了，而当她得知紫薇如今在福家之时，更是雀跃不已，不分由说的就要立即去见紫薇。
永琪适时向小燕子分析了事情的严重性，小燕子这才知道自己犯下了欺君大罪。此时，正巧皇后来探，小燕子不慎冒犯皇后，而被容嬷嬷打了一耳光。永琪见情势危急，急忙请出了乾隆。
小燕子和皇后间的风波在乾隆的出面后终告平息，但皇后对小燕子的敌意却是更加的浓厚了。小燕子漏夜写了封信托永琪带给紫薇，原来大字不识几个的小燕子托人带来的是画不是信，正当众人猜不透小燕子画中之意时，紫薇竟将小燕子的画用诗表达出来，令众人对紫薇的才情佩服不已，尤其是尔康。
紫薇从画中得知小燕子乃是身受重伤才得以入宫，又知道乾隆仍未忘了自己的母亲。在深思之下，紫薇决定放弃认亲之事，将此秘密永藏心中。正当紫薇打算离开的同时，尔康为留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，尔康此举令紫薇震慑不已，居然点头答应留下，也不再掩藏彼此之间早已滋长的情愫。
乾隆为调教小燕子，命令小燕子和众阿哥等人一同上课，幸得永琪和尔泰的帮忙，才让小燕子安然渡过此难关，也为平静的课堂带来了笑声及活力。
不料，皇后此时却降低姿态向乾隆示好，终于由乾隆口中取得了教养小燕子的权力。
乾隆终于听了皇后的话，让容嬷嬷教起小燕子规榘来。小燕子见这回推也推不掉，只得心甘情愿地学起了规榘。但不知是小燕子真没有学规榘的天份，又或者是容嬷嬷的蓄意刁难，小燕子就是做不到容嬷嬷要求的标准。小燕子一气之下，气急败坏地就想逃开。适巧此时乾隆来探，见到小燕子此状大为光火，而小燕子又不懂得看脸色，竟还火上加油的顶撞了乾隆几句，乾隆在震怒之下，决定重打小燕子二十大板，幸而后来永琪及令妃等人的求情，乾隆才下令停止，但此时小燕子早已被打成重伤了，却还心有凄凄地挂念着紫薇。
紫薇得知小燕子受伤，不分由说地便想入宫去看她，也让众人更加地了解两个女孩间的深厚情谊。
小燕子被乾隆重罚后害怕不已，乾隆不忍，又思起当年和夏雨荷间的种种，终于原谅了小燕子，并下令小燕子以后拥有豁免权，可以不必遵受宫中的繁文缛节。
紫薇得知此事也雀跃不已，并在好心情的情况下，向尔康提出了回大杂院看看的要求。
紫薇和尔康回到了大杂院，尔康见到紫薇和柳青间的谈话，竟有了醋意，便下定了决心，向紫薇倾诉了此生不变的情谊，以及两人之间所需面对的重重困难。紫薇惊讶，不敢也不愿承受这一切，使得两人之间的恋情，面临了严重的考验。
紫薇回送了画给小燕子，说明了自己准备放弃认亲的打算，小燕子惶恐，不愿抢了紫薇应有的一切，便立刻要求和紫薇当面说清楚。永琪和尔泰拗不过小燕子，便计划好趁着深夜，将宫女假扮成小燕子躺在床上，再由永琪带着改装成小太监的小燕子出宫。
紫薇和小燕子终于见面了，两人相见不胜唏嘘，紫薇担心着小燕子的伤势，而小燕子则满心懊悔。惟有金琐，虽对小燕子无法原谅，却又细心照料着小燕子的伤势，令小燕子感动不已。不料，在这同时，漱芳斋内却突然地灯火通明，原来是乾隆和令妃突然来访。
乾隆和令妃突然至漱芳斋欲探小燕子，不料却发现了小燕子私溜出宫之事，令乾隆为之气结。而此时小燕子和永琪却全然不知已大难临头，正打算回到漱芳斋后，还要畅饮至天明。而两人乍见乾隆的出现，也心急的不知如何是好，永琪决定实话实说，表示小燕子除去了福家外，什么地方也没去。乾隆顾虑到夜已深，又见两人频频求情，遂决定次日再行审问两人。
次日，永琪、尔康、尔泰三人急忙地商量对策时，小燕子居然又装扮成了小太监来到了永琪房中，急欲得知三人的对策。不料，此时皇后和容嬷嬷来探，发现了小燕子，又将事情闹到了乾隆跟前。
乾隆本欲再次重罚小燕子，但在小燕子的求情，以及乍闻小燕子以往为了生活所吃的苦头后，竟又生了恻隐之心，原谅了小燕子，也更让皇后为之气结。福伦及福晋担心尔康对紫薇用心过深，打算和尔康商量此事，却得知了尔康非得明媒正娶紫薇的决心。
尔康和福伦表明了非紫薇不娶的决心，令福家二老烦心不已，毕竟紫薇身份特殊，未来如何实在无法猜测。福晋因而出面言辞恳切地向紫薇晓以大义，紫薇是个明理之人，当下便决定离开福家，以免福家二老难堪。
尔康得知紫薇离去后忧心不已，在四处找寻未果后，终于由千辛万苦才出宫的小燕子出面，说动了柳青和柳红，才透露出紫薇的住处。
在几番波折下，尔康终于找到了紫薇，两人相见恍如隔世，在尔康表明了愿抛弃一切的真心相告下，紫薇再无法掩饰自己的情感，接受了尔康的情意，而尔康的心里，也有了个想法隐然成形。
尔康提出将紫薇送入宫中的想法，令众人大感惊愕不已，但尔康却认为，惟有让乾隆真正认识紫薇，并真心喜爱紫薇，小燕子和紫薇才有一同活命的可能，而自己和紫薇之间，也才能谈到未来。