一、职能部门
 社办公室/党委办公室
      作为社务会、社党委办事机构，管理协调全社性的党建和行政办公事务。
 党群工作部(工会办公室)
      在社党委领导下，开展基层党建日常工作及群团、统战和企业文化建设工作。
 总编辑办公室(质量管理办公室)
      承担编辑出版业务管理协调、出版物质量管理和出版物版权管理工作。
人力资源部(畅想书院、离退休人员管理与服务办公室)
      承担人力资源开发、配置、管理与服务工作，负责离退休人员的日常管理与服务。
 财务管理部
      承担财务会计、管理会计业务的运行与管理，负责财务环境和财务文化的建设。
 法律事务部(打盗维权部)
       承担全社与法律事务相关的规范管理和支持服务，防范各类法律风险，保护以版权为核心的各类合法权益。
 海外合作部
      承担国际传播能力建设工作，负责海外合作、版权贸易、对外宣传和销售等业务工作，以及出访来访等外事服务工作。
 行政后勤与资产管理部
       负责全社日常后勤管理服务，全社固定资产管理，联系物业公司，保障各项工作的正常运行。
 纪检监察审计部
        作为社纪委的日常办事机构，承担纪律检查、监察和内部审计工作。
二、教育出版部门
      教育出版事业部为业务部门，是研发中心、经营中心。
      在确定的业务领域内，全面贯彻党的教育方针和出版方针，坚持正确政治方向，严格落实意识形态工作责任，加强内容建设，保障出版质量，承担图书、数字产品和资源研发工作;坚持把社会效益放在首位，实现社会效益和经济效益相统一，加强作者资源、内容资源、版权资源建设，部门编辑人才队伍建设和管理，提高经营效率，完成各项经营指标;坚持改革创新，协同在线教育平台、数字部门加快融合发展，推动出版业务数字化升级。共设立13个出版事业部:
 思想政治教育出版事业部(马克思主义理论期刊编辑部)/教育部高校社会科学研究评价中心/教育部心理健康咨询委员会秘书处
 高等教育文科出版事业部/马工程重点教材办公室
 高等教育经济管理与法律出版事业部
 高等教育理科出版事业部
 高等教育工科出版事业部
 生命科学与医学出版事业部
 高等职业教育出版事业部
 中等职业教育出版事业一部/中职“三科”教材办公室
 中等职业教育出版事业二部
 外语出版事业部(国际语言文化出版中心)
 教师教育出版事业部
 考试出版事业部
 上海出版事业部〔高等教育出版社(上海)教材服务有限责任公司〕
三、学术出版与教学教材研究部门
      学术出版部门为业务部门，是弘扬学术，锻造学术品牌，塑造高端精品，提升我社国内、国际影响力的机构。
      在确定的业务领域内，全面贯彻党的出版方针，坚持正确政治方向，严格落实意识形态工作责任，坚持把社会效益放在首位，实现社会效益和经济效益相统一，以国际学术前沿和国家重大科技文化战略需求为引领，组织推动学术研究，促进优质学术内容传播和学术交流;承担学术图书、专著、期刊及数字产品和资源研发、出版发行工作;加强专家资源、作者资源、内容资源、版权资源建设。共设立7个各学术出版部门:
 人文社科学术出版事业部
 自然科学与工程技术学术著作出版事业部
 自然科学与工程技术学术期刊中心(科技期刊集群化发展项目办公室)
 重点著作编辑室
 《中国大学教学》编辑部
 《中国编辑》杂志社
 全国高等学校教学研究中心/教材发展研究所
四、在线教育运营与服务部门
      在线教育运营与服务部门为业务部门，开展在线教育服务、培训服务、平台建设运营等业务，支持出版主业融合发展。
 中国大学生在线发展中心(高校辅导员网络培训中心、全国高校思政工作者培训研修中心)
       中国大学生在线发展中心是教育部“中国大学生在线”等网站的建设与运营部门。承担教育部“中国大学生在线”网站建设、运营维护工作。开展高校思政工作队伍及辅导员研修培训，推动高校网络思政和网络文化建设。
 思想政治教育工作部
       承担高校思政相关平台建设，落实高校思政新媒体建设相关任务。
 在线课程研发与运营部
       组织研究、拟订在线课程研发规划并实施;承担“爱课程”网及相关平台的开发、运营及维护;开展在线课程及平台的市场化运作及产品转化工作。
 在线职业教育发展中心
       协同各职业教育出版事业部和有关职业教育出版业务板块，实施职业教育在线课程、数字资源研发建设工作;承担“智慧职教”网等平台的开发、运营及维护;开展职业教育在线课程及平台的市场化运作及产品转化工作。
 全国高校教师网络培训中心(北京畅想数字音像科技股份有限公司)
       全国高校教师网络培训中心是教师网络培训机构。北京畅想数字音像科技股份有限公司承担教师培训的日常运营工作，开展公司经营范围内的业务工作。承担教师培训、教学服务和视频资源库建设等经营服务工作。
五、融合发展技术支持与管理服务部门
 信息技术开发与管理部
       统筹全社网络、信息、技术安全，负责信息化基础设施和信息系统建设与运维。负责技术开发队伍建设，承担融合发展技术开发及管理。
 数字内容资源开发与管理部
      负责全社数字内容资源的汇聚、管理、质量管控及共享应用,承担多媒体教学资源的研发与制作。
 数字内容资源集成与运营部(高等教育电子音像出版社有限公司)
      承担数字内容资源运营平台建设、运营与管理，集成社内数字内容资源，形成系列数字产品和服务，并开展营销活动。
 数字产品制作部(北京高教图文制作有限责任公司)
       承担出版物装帧设计、插图绘制及相关管理工作。
 印务部
       承担出版物的版式设计、排版、校对、印制、印装质量检查，以及样书、纸张材料等管理工作。
 数字产品制作部(北京高教图文制作有限责任公司)
      承担图书 、期刊的数字化排版及全社图书、期刊排版文件的管理，负责期刊数据库、高教书苑电子图书数据库等数字内容的制作，协同相关部门开展数字教材建设。
六、生产营销部门
 装帧设计与绘图室
    承担出版物、数字产品等装帧设计、插图绘制及相关管理工作。
 印务部
      承担出版物的版式设计、排版、校对、印制及印装质量管理工作，负责排版、印装、纸张材料管理。
 市场与教学服务部
      承担我社品牌及产品(图书及数字产品)的宣传推广，市场营销策略的制订与实施，市场的拓展、维护与服务，完成营销指标及任务。 
 销售部
      承担我社产品销售渠道的建立和完善，完成教材、学术著作和社会用书、独立数字产品的销售任务(码洋、册数、回款)。
 物流部(北京蓝色畅想物流有限公司)
      承担图书及电子音像产品的存储、配送管理和服务。
 上海蓝色畅想图书发行有限公司
      接受市场与教学服务部、销售部的指导，承担华东地区的市场营销、教学服务及经销商管理工作，完成区域销售任务(码洋、册数、回款)。
 高教社(天津)印务有限公司
      承担公司经营、运行和管理工作，完成社印务部安排的图书印制任务。