侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆建立在南京大屠杀江东门集体屠杀及“万人坑”遗址之上，于1985年8月15日正式建成开放。后经1994年至1995年，2005至2007年两次扩建，现占地面积约7.4万平方米，建筑面积达2.5万平方米，展陈面积达近1.2万平方米，是一座纪念性的遗址型历史博物馆,也是全国爱国主义教育基地和全国文物保护单位。现在，纪念馆的第三期扩容工程正在进行，预计2015年9月完成。
一、纪念馆的建筑设计理念
纪念馆展馆的整体设计形状为“和平之舟”，像是一座拔地而起的船头造型。从侧面看，又像一把被折断的军刀;从空中看，又是一个化剑为犁的立面。展馆的建筑设计由华南理工大学何镜堂院士主持，外观大气肃穆，设计布局寓意深刻。纪念馆前半部分寓意为“白骨为证、废墟为碑”，后半部分体现了“人类家园、走向和平”。整个建筑设计构思可以用“死亡、和平”四个字来概括。
二、纪念馆的功能区划分
纪念馆分展览集会区、遗址悼念区、和平公园区和馆藏交流区等4个功能性区域。
(一)展览集会区:该区分为史料陈列厅和集会广场。史料陈列陈列展示基本陈列和专题陈列。集会广场上有主题雕塑-冤魂呐喊、标志碑、灾难之墙、和平大钟，每年的12月13日，人们都会在这里集会，公祭遇难同胞，撞响和平大钟，发表和平宣言。
(二)遗址悼念区:该区包括“古城的灾难”大型组合雕塑、“历史证人的脚印”铜版路、《狂雪》诗碑墙、石壁墙与邓小平手写馆名、墓地广场、浮雕《劫难》《屠杀》《祭奠》、“母亲的呼唤”立雕、“万人坑”遗址陈列和悼念广场祭场、冥思厅等。
(三)和平公园区:该区以和平为主题，是世界各国人民进行和平交流的重要场所。包含胜利之墙、和平公园、汉白玉雕塑《和平》、紫金草花园、日本友人植树林等。
(四)馆藏交流区:该区是寓馆藏、交流、办公为一体的综合功能区域，其主要设施有学术报告厅、图书馆、特藏库等。
三、纪念馆的展陈情况
纪念馆展陈目前包括三个方面，基本陈列、专题陈列、遗址陈列。
基本陈列名称为《人类的浩劫--南京大屠杀史实展》。该陈列共分11个部分，分别为南京沦陷前的中国形势、日军从上海攻向南京、日军入侵南京与中国守军南京保卫战、日军在南京的大屠杀、日军在南京的奸淫与掠夺、日军在南京的焚烧与破坏、国际安全区不安全、日军毁尸灭迹与慈善团体掩埋遗体、对制造南京大屠杀的日本战犯审判、南京大屠杀的历史见证、前事不忘，后事之师。共展出3500多张历史照片、3300件文物及149部资料片。
专题陈列为《胜利 1945》共分五个部分，分别为日军侵华暴行，14年的艰苦抗战，胜利大受降，正义的审判，珍爱和平、开创未来。
遗址陈列《“万人坑”遗址陈列》，分为三个部分，一是1983-1985年期间，建馆时发掘的部分遗骨，被陈列在外形成棺椁造型的遗骨陈列室内;二是1998年4月至1999年12月，在170平方米掘面内再次发掘出208具表层遇难者骸骨的原地原貌陈列展示。该批遗骨经法医学、医学、史学和考古学等方面专家鉴定和多种仪器检证，为部分南京大屠杀遇难者的遗骨;三是2006年扩建期间，在位于史料陈列厅的位置第三次发掘遇难者遗骨，被原地原貌陈列在展厅内。
四、南京大屠杀幸存者情况
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆从筹备建馆之时起，就开始了对南京大屠杀幸存者的调查工作。自1984年以来，纪念馆通过寻访、调查，共整理出4176份南京大屠杀幸存者、目睹者和受害者的证言档案。
幸存者档案资料的来源主要有两个途径:一是进行大规模的幸存者普查。南京市先后于1984年、1991年和1997年进行了三次大规模幸存者普查。1984年，在南京市政府的推动下，普查到1756人。1991年夏天进行了复查，确认有1400余人健在。1997年7月至9月，对南京市15个区(县)70岁以上老人进行普查，确认了1213名幸存者在世。二是纪念馆自1985年建馆以来，在日常工作中陆续对新发现的幸存者进行调查采访，这些幸存者分别来自新疆、山东、广东、安徽、河南、北京、上海等多个省、市、自治区，以及美国、西班牙、新西兰等国家。目前，仍然健在的幸存者已不到200人，平均年龄超过80岁。
2014年9月17日开始，纪念馆每天在国家公祭网和纪念馆官方网站上公布一位南京大屠杀幸存者的口述证言，连续100天，共公布100位幸存者证言。这些证言是纪念馆从记录整理的4176份证言档案中遴选出来的。2014年12月1日至12月20日，部分南京大屠杀幸存者在纪念馆举行遗属家祭活动，通过上香、献花、祭拜、诵读祭文或家信等多种形式，悼念在南京大屠杀中遇难的亲人。
