中国科学院南京土壤研究所作为国家首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，目前拥有农业资源与环境(含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息)、环境科学与工程(环境科学、环境工程)、生态学三个一级学科的博士和硕士学位点;地图学与地理信息系统、水土保持与荒漠化防治二个硕士学位点;工程硕士(环境工程、生物工程领域)和农业硕士(农业资源利用领域)二个全日制专业学位培养点和“农业资源与环境”、“环境科学与工程”二个博士后流动站。

目前南京土壤研究所拥有博士研究生指导教师及硕士研究生指导教师110余名，其中中科院院士2人;在读研究生340余人。迄今已累计培养研究生1200多名(含留学生8名)。

自2000年以来，培养的研究生学生获得教育部和中国科学院各类奖项240余人次，其中:4名毕业生荣获全国百篇优秀博士学位论文奖(1人提名奖)，21名毕业生获中科院和江苏省优秀博士学位论文奖(2人提名奖)，12名毕业生获江苏省优秀硕士学位论文奖，38名毕业生获中科院院长奖(4名特别奖)等，更多毕业生在各自的工作领域内成为了佼佼者。