位置与面积 防城港市地处广西壮族自治区南部、中国大陆海岸线最西南端，位于北纬20°36'~22°22'、东经107°28'~108°36'之间，居北回归线以南。北接南宁市的邕宁县和崇左市的扶绥县，东与钦州市毗邻，西与宁明县接壤，南濒北部湾，西南与越南民主共和国交界。市政府驻港口区公车镇行政中心区，距自治区首府南宁市173千米，距钦州市53千米，距崇左市170多千米，距越南芒街76千米。陆路、水路皆可连通东南亚，有西部地区最大的海港-防城港,是中国大西南连接东盟最便捷的通道。南北最大纵距102千米，东西最大横距116.8千米，行政区域总面积6238.49平方千米。

地势 防城港市地势中间高，两边低，十万山山脉横贯其间，向东南和西北倾斜，东南多为低山、丘陵、平原和盆地;西北为中、低山和台地，至与扶绥交界处，东部高，西部低，多为丘陵和盆地。港口、防城、东兴三地的地势西北高、东南低;上思三面环山，地势由东南向西北倾斜。

地形与地貌 防城港市有山地、丘陵、沿海滩涂三种主要地形，此外还有河谷冲积小平原和滨海小平原。防城港市地质构造有大菉、彭祖岭、木马隘、防城、那狼等5个断层，那垌、平旺2个背斜，峒中-扶隆断裂，防城褶断带，冲榄单斜，那梭向斜，那垌青斜，以及东兴盆地，共13个不同地层结构，纵横全市各乡镇，形成各具特色的地貌。境内地貌主要由山峰、隘口、台地、平原谷地、丘陵溶蚀谷地及河流组成。山地、台地、丘陵、沿海滩涂相间，其中丘陵面积占80%以上。北部及南部以低山丘陵地为主，中部为山地，东南部为沿海丘陵和海湾滩涂。全市有三个主要地貌类型分区:北部为上思盆地，海拔200至400米;中部为十万大山，海拔800至1300米;东南部为低山、丘陵和深渊、平原、台地，海拔多在50至500米间。

土壤 市境内土壤分属水稻土、砖红壤、赤红壤、黄壤、紫色土、冲积土、风沙土、沼泽土8个土类。西北山区以黄壤和红壤为主，主要种植旱地作物和经济林;南部丘陵沿海地带多分布冲积土、潮汐土、紫色土，为市内重要水稻耕作区。

山系 市境内山脉主要是十万大山及其支脉。十万大山横亘于防城港市中部，全长130多千米，海拔在800米以上的山峰有75座，主要山峰有18座，海拔皆在1000米以上，第一高峰薯良岭位于上思南屏瑶族乡境内，海拔1462米。十万大山之外，还有防城东山、上思四方岭和凤凰山脉，其中四方岭是上思县与扶绥县的分界线。

水系 市境内中小河流众多，水资源丰富。流域面积50平方千米以上河流共50条，100平方千米以上21条。由于十万大山主脉由东向西横贯防城港市中部，因而形成南北水系的分水岭，向南流的属桂南独流入海水系，主要河流有防城河、茅岭江、北仑河、江平江;向北流的属西江水系，主要河流为上思县的明江。防城河干流全长83.80千米，流域面积894.60平方千米，多年平均径流量18.30亿立方米;茅岭江干流全长123千米，流域面积2909平方千米(其中防城港市境556平方千米，钦州市2353平方千米)，多年平均径流量32亿立方米;北仑河干流全长107千米，其中下游东支流为中越界河，总流域面积1187平方千米，多年平均径流量32亿立方米;江平江干流全长43.23千米，流域面积318.95平方千米，多年平均径流量4.90亿立方米。明江是西江水系左江的一级支流，干流全长308千米，流域面积6379平方千米，多年平均径流量54亿立方米，其中上思境内干流长142千米，流域面积2183平方千米，占上思总面积的77.52%。各主要河流上游落差大、水势急、水量大，不仅有利于发电，还有利于灌溉;河流中下游一般比较平坦、开阔，可用于航运。

海岸和岛屿 防城港市濒临北部湾，是中国大陆海岸线最西南端起点，管辖海域面积近1万平方千米。大陆海岸线537.64千米，占广西大陆海岸线的三分之一，东起防城区的茅岭乡(中间隔钦州龙门岛)，经港口区的企沙、光坡两镇，防城区的防城镇、江山乡，东兴市的江平镇，西至东兴市东兴镇北仑河口止;海岛284个，其中无居民岛282个，岛屿面积共18.05平方千米, 岛屿海岸线166.1千米，主要分布在港口区的光坡、企沙两镇。距大陆最远的是夜鹰岛(雾水洲)，处北纬20°20'、东经107°45'，面积约1平方千米。

浅海与滩涂 全市10米等深线以内的浅海滩涂面积约9.94万公顷，其中5米等深线以内滩涂2.41万公顷，5到10 米等深线浅海水域面积7.53万公顷;20米等深线以内的浅海海域面积15.44万公顷，平均每千米海岸线占有浅海海域面积为287.1公顷。海水潮汐基本为规则的全日潮，沿海海水无污染，绝大部分海区的水质符合《海水水质标准》1类，适合养殖近江牡蛎、文蛤、泥蚶、对虾、珍珠、锯缘青蟹、中华乌塘鳢和其他海水经济鱼类。