东晋义熙七年(411年)前置如皋县，隋时并入扬州宁海县。南唐保大十年(952年)升为如皋县，隶属泰州。后历代沿袭县制，宋时为中下县，元时升为上等县。明清仍隶属泰州，清雍正二年(1724年) 划归通州。民国时为一等县，与湖南邵阳同被列为全国最大的县。1940年8月， 新四军东进至如皋西乡，在卢港建立如皋县政府。10月，县府随军继续东进至如皋东乡接管国民党如皋县政府。1941年3月，在如皋西乡成立如西县政府。至此，原如皋县以通扬运河为界划分为两个县。如西县隶属苏中第三行政区专员公署，如皋县隶属苏中第四行政区专员公署。1945年9月21日，新四军收复如皋城，如西县复名如皋县，原设于如皋东乡的如皋县更名如东县。同年12月1日， 苏皖边区第一行政专员公署于如皋城成立。1949年1月28日，如皋全境解放。5月12日，苏皖边区第一行政专员公署改称苏北泰州行政区专员公署，如皋属其管辖，为一等县。1950年1月，如皋县划归苏北南通行政区专员公署，上升为特等县。1955年12月，如皋县人民政府改称如皋县人民委员会，隶属江苏省南通专员公署。1968年建立如皋县革命委员会，1981年复名如皋县人民政府。1988年3月18日，经国务院批准，如皋县如城地区为沿海经济开放区，后全县乡镇陆续被批准对外开放。1991年2月6日，经国务院批准，如皋撤县建市，同年6月1日举行建市仪式。2013年3月，省政府同意调整如皋市部分行政区划。截至年底，全市辖11个镇(区)、3个街道(区)。即如城、城南、城北3个街道和东陈、丁堰、白蒲、下原、九华、石庄、吴窑、江安、搬经、磨头、长江11个镇，城北街道与如皋经济技术开发区、城南街道与如皋高新技术产业开发区实行“ 以区带街、区街合一”管理机制，长江镇与如皋港区实行“ 镇区合一” 管理体制。全市347个村(居)，其中居委会181个、村委会166个。