历史上的新疆一直就是多种宗教并存的地区。至20世纪中期，新疆共有6种宗教，即伊斯兰教、佛教、道教、天主教、基督教(新教)、东正教。维吾尔、哈萨克、回、柯尔克孜、乌孜别克、塔吉克、塔塔尔等7个民族普遍信仰伊斯兰教，汉、蒙古、锡伯、达斡尔等民族中的一些人信仰佛教(包括藏传佛教)，汉族中的一些人信仰道教、天主教和基督教。信仰东正教的主要是俄罗斯族。另外，还有一些民族如满族、锡伯族中的一些人信仰萨满教。当时，新疆信仰伊斯兰教的人口最多
目前，新疆各族信教群众及宗教界人士充分享受到宗教信仰自由的权利。主要表现在:批准设立适量的宗教活动场所与教职人员，以适应各族信教群众正常宗教活动的需要。全疆已批准的各类宗教活动场所2.41万座，其中伊斯兰教活动场所2.39万座，还有喇嘛庙、汉传佛教寺院、基督教堂、东正教堂等。政府还出资整修喀什艾提尕尔大清真寺等著名宗教场所(“艾提尕尔”是“节日，欢乐的广场”的意思。清真寺是穆斯林举行宗教活动的场所，是穆斯林做礼拜的“叩拜之处。 艾提尕尔寺地位的显要还不在其规模,而是它是全疆穆斯林“聚礼”之地。虔诚的穆斯林信徒一天会做五次礼拜，即晨礼、晌礼、午礼、昏礼、宵礼，每次做十五分钟，周五是一个半小时。穆斯林在礼拜前，会根据具体情况进行“大净”和“小净”--即沐浴。逢礼拜过节过年，整个艾提尕尔清真寺连同中心广场都跪满人，最多的时候可达到十万人，他们一起聆听学识渊博德高望重的大阿訇讲经。每天到这里礼拜的人已达2-3千人,星期五“居玛日”下午,远近的男穆斯林都要到此作一周之内最庄重的礼拜,这时人数约有6-7千人。到了一年一度的“古尔邦”节,全疆各地都有穆斯林前来,加上本地的,大礼拜人数可达2-3万人。大礼拜之后,大寺内外游乐的人摩肩接踵,欢快的鼓乐奏鸣。穆斯林合着节拍,跳起了“萨满舞”(女性不能参加),狂欢至通宵达旦)。共有各教教职人员2.9万人，其中伊玛目(伊玛目本来是领拜人，要负责带领穆斯林大众做礼拜。礼拜的时候，所有参加者必须遵守伊玛目的领导，必须跟随做礼拜。具体而言，不能先于伊玛目作出动作，比如:抬头，必须在伊马目抬头之后才可以抬头，否则就是有罪。
伊斯兰教禁止修行，要求有经济能力且身心健康的青年男女适龄必须正常婚姻，要求人们尽可能依靠生产性的体力、脑力劳动收入而生活。因此，从伊斯兰昌盛时代伊始，伊斯兰社会就不设专职的宗教职务，伊玛目就是义工，不是宗教职务，此项工作没有收入，只有付出。但是，随着社会发展，根据伊斯兰社会立法原则，各历史阶段、各地区会根据不同情况通过民主讨论作出合适的、互相有差异的决定。比如:有的地区，穆斯林大众的组织内部，就会适当给与伊玛目一些物质补偿。
伊玛目的地位，来自文化学识、道德威望、政绩功勋。因此，不论肤色、民族、家庭背景，早在穆罕默德宣传伊斯兰思想的时期，明确规定，即使伊玛目是被解放的奴隶，也要被尊敬。)  以上的伊斯兰教教职人员有2.85万人。
恢复和建立各级宗教团体。全疆各级宗教团体已经达到88个，其中自治区级2个(伊斯兰教协会与佛教协会各1个)，地、州、市级17个(伊斯兰教协会13个、佛教协会3个、基督教“两会”1个)，县市级69个。(3)宗教界人士享有参与讨论国家大事的权利，一些爱国宗教人士在国家和地方的各级政协、人大中担任领导职务，不少人被选为各级人大代表或政协委员。对一些生活困难的宗教人士，政府适当发放生活补助费。全疆领取定期、不定期生活补助费的约5 000人，全年生活补助费300万元。(4)为了满足信教群众学习宗教经典和宗教知识的需要，新疆还出版、发行维吾尔、哈萨克、汉等多种文字和版本的《古兰经》、《布哈里圣训实录精华》、《新旧约全书》等宗教典籍。为方便信教群众，各地还批准建立了一些专营宗教书刊的销售点。 积极开展宗教方面的国际友好交往活动。除接待来访人士名，全疆每年到麦加朝觐的穆斯林都在数千人左右，并多次派人参加国际性宗教学术活动。  宗教界人士享有充分的参政议政权利。目前，在各级人民代表大会、政治协商会议担任职务的新疆宗教界人士有1800多人，代表信教群众积极参政议政，并对政府贯彻宗教信仰自由政策进行监督。1982年以来，全区共恢复和新建宗教团体88个。为保证宗教活动的正常开展，1987年新疆成立了伊斯兰教经学院，1999年成立了经文学校，专门培养伊斯兰教高级教职人员。自治区政府根据宪法和法律，制定并颁布了《新疆维吾尔自治区宗教活动场所管理暂行规定》等法规，保护正常的宗教活动。