敦煌的历史古老而久远。“敦煌”一词最早见于《史记·大宛列传》，东汉应劭解释“敦，大也;煌，盛也”，取盛大辉煌之意。历史上的敦煌曾是中西交通的枢纽要道，丝绸之路上的咽喉锁钥，对外交往上的国际都会，经营西域的军事重镇，在中华历史的长卷上占有光辉的篇章。

敦煌古称“三危”。《都司志》载:“三危为沙州望山，俗名羿雨山，在县城东南三十公里。三危耸峙，如危卵欲坠。故云。” 至今敦煌市城东南有三个巍峨奇特的山峰，就是古代的三危。今仍称三危山。在距今约4000年前相当与舜禹时的上古时期，敦煌地区就有人类的先民在这里繁衍生息。据《尚书》记载，舜“窜三苗于三危”，成为敦煌历史上最早的居民。根据考古发现，在我国夏、商、周时期，这里就有属于玉门火烧沟文化类型的羌戎居住。春秋时敦煌称瓜州，以地产美瓜而得名。当时有月氏、乌孙游牧民族在此驻牧。到了战国，月氏逐渐强大，吞并羌人，赶走乌孙，成为敦煌的新主人。秦汉之际，雄踞漠北的匈奴崛起，打败击走月氏，敦煌为匈奴占据。至西汉武帝时，经过反击匈奴的战争，迫使匈奴“远循”，河西地区归入汉朝版图。自此，开始了中原王朝经营河西和西域的伟业，揭开了历史上敦煌开发的篇章。张骞通西域的“凿空”之行，开通了影响深远的丝绸之路。西汉武帝元鼎六年(公元前111年)设置敦煌郡。到西汉末年，王莽篡汉，改敦煌郡为敦德郡，东汉时复名敦煌郡。这一时期，敦煌经济快速发展，同时战略地位提高，中央主管西域事务的护西域副尉长驻敦煌，这里成为统辖西域的军政中心。三国时仍置敦煌郡，属曹魏政权管辖。西晋承袭不变。东晋前凉时将敦煌、晋昌、高昌三郡和西域都护、戊巳校尉、玉门大护军三营合设沙州。东晋隆安四年(公元400年)李暠建西凉国，初都敦煌。北魏初(公元439年)置敦煌镇，公元526年置瓜州，敦煌均为治所。整个汉魏之际，虽多有战乱，但敦煌的经济和商业日渐繁荣，中原文化广为传播，佛教东渐兴盛，一度敦煌成为五凉文化的中心。这时期于东晋前秦二年(公元366年)始开凿莫高窟。北周初置沙州，公元564年改敦煌县为鸣沙县，属敦煌郡，因县南鸣沙山而名之。隋初废郡置瓜州，大业三年(公元607年)复置敦煌郡，同时罢鸣沙县复名敦煌县。唐武德二年(公元619年)置沙州，此时的敦煌进入历史兴盛时期。唐建中二年(公元781年) 陷于吐蕃。大中二年(公元848年)沙州人张议潮率州民起义，推翻吐蕃贵族统治，建立归义军政权，使河西地区重归唐王朝，至宋景佑三年(公元1036年)西夏占领止，敦煌历史上称归义军时期。宋景佑中敦煌为西夏占领，统治敦煌达191年。元灭西夏后，于至元十四年(公元277年)复设沙州。公元1280年升为沙州路总管府，隶属甘肃行中书省。明永乐三年(公元1405年)改为沙州卫，后增设罕东左卫。嘉靖七年(公元1528年)明朝政府关闭嘉峪关，从此瓜州、沙州旷无建置200年，敦煌日见衰落。到清雍正元年(公元1723年)设沙州所，旋升为沙州卫。雍正四年(公元1726年)，从甘肃56州县移民2400多户到沙州屯垦。乾隆三十五年(公元1760年)改为敦煌县，直到1949年9月28日敦煌解放。同年10月7日成立敦煌县人民政府，属酒泉地区管辖。1987年9月28日经国务院批准，撤销敦煌县，设立敦煌市。敦煌市隶属酒泉市，现辖7镇2乡，总人口20万人，城市化率达57%。总人口中汉族占绝大多数，回、蒙、藏、维吾尔、苗、满、土、哈萨克、东乡、裕固等27个少数民族仅占总人口的2.2%。沙州镇为市委、市政府所在地，是全市政治、经济、文化的中心。城西7公里处的七里镇是一座新型的石油城，现为青海石油管理局机关所在地和青海油田后勤生活基地。