从2004年初起，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆在全国率先对社会公众免费开放，当年接待观众就达114万人次。以后的两年，2005年接待观众达220万人次，2006年仅上半年接待观众就超过130万人次。2007年12月13日，扩建后的纪念馆再次对公众免费开放，目前已接待中外观众70多万人次。

针对观众迅速增加的新情况，纪念馆立足长效管理，提出多条管理措施:合理调控参观人流，实行团体预约登记制度;积极吸纳和招募志愿者参与场馆管理，进一步加强教育和管理的力度，营造良好的教育氛围;不断完善基础设施，增设服务项目。

为进一步加强青少年爱国主义教育，纪念馆通过开展丰富多彩的共建活动，不断深化和拓展教育的方式和影响力。近几年，纪念馆先后与北京市中关村中学，上海市七一中学以及安徽、陕西和江苏省的70多所大中小学校建立共建关系，兴建了“百校共建铜牌墙”，每年配合这些学校搞好主题队会、入团、入党、成人宣誓仪式等各项专题活动达20多场。

从2004年起，纪念馆面向社会公开招募的118名志愿者中，青少年志愿者共有81人。2007年底再次向社会招募时，3天时间就有1100多名志愿者报名参与。

由于参观人数大大超过原馆接待能力，同时为了更好发挥纪念馆爱国主义教育的功能和作用，在中央、江苏省和南京市各级政府的关心和支持下，纪念馆扩建工程在2005年12月13日开工，扩建后的纪念馆占地面积111亩，于2007年12月13日，即南京大屠杀30万同胞遇难70周年纪念之际建成继续免费开放。