学校原名为长春中医学院，成立于1958年，前身为始建于1950年的长春市中医进修学校。1962年，吉林省卫生干部学校并入学校;1970年，学校并入了吉林医科大学;1978年，恢复了长春中医学院建制，原全国人大副委员长、中国科学院院长郭沫若为学校题写了校名;2000年吉林省职工医科大学和长春中医学院附属卫生学校并入学校;2006年，获教育部批准，长春中医学院更名为长春中医药大学;2002年，长春中医药大学净月校区一期工程胜利竣工，学校主体迁入净月校区;2003年，学校获得博士学位授予权，是“十一五”期间，吉林省唯一一所获得博士授予权的学校，同时也是全国行业唯一一所获得博士授权的学校;2004年，学校成为省属重点高校;2007年，学校顺利通过教育部本科教学工作水平评估，获得优秀成绩;2008年，学校与省政府共建吉林省人参科学研究院，人参研究水平处于国际领先水平，为打造吉林省千亿元人参产值，推动健康产业发展做出重要贡献;2009年，中医学、中药学两个一级学科在全国具有博士学位授权一级学科整体水平评估中位居第7名、第9名;中医学、中药学成为博士后流动站，是2009年全国中医药院校中唯一一所获批建设单位;学校附属医院成为国家中医临床研究基地，标志着学校脑病和心病研究在全国处于领先地位;国家名老中医、中医急症学创始人、学校终身教授任继学荣获白求恩奖章和“国医大师”荣誉称号;2012年，学校获得了国家中西部高校基础能力建设工程项目，标志着学校跻身于国家中西部高校百强行列。。